Ho un cliente che è passato da JMP Genomics a JMP Pro e sta cercando di replicare un flusso di lavoro di analisi.
Ecco la descrizione dell'analisi desiderata:
Sto cercando di determinare la proporzione degli alleli paterni in un insieme di progenie e/o di ottenere una stima dell'introgressione della genetica maschile nelle progenie. Il disegno consisteva in un incrocio accoppiato (biparentale) e l'altro da impollinazione aperta (una femmina e più maschi). Ricordo che questo può essere fatto in JMPGenomics ma non riesco a ricordare i passaggi. Il set di dati del genotipo ha il sistema di punteggio SNP 0,1,2 (il 2 è l'eterozigote).
Questo flusso di lavoro è possibile in JMP Pro? In tal caso, vorrei fornire alcune indicazioni generali sui passaggi e sulle piattaforme che utilizzeremmo per replicare l'analisi.
Qualsiasi consiglio da parte degli esperti di JMP Genomics sarebbe molto apprezzato!
Grazie in anticipo,
CIAO @scott_allen ,
Ho chiesto allo sviluppo e sembra che JMP Genomics non abbia mai effettuato questo tipo di analisi. Non c'è nulla di specifico in JMP Pro (o JMP) che possa farlo automaticamente per loro. Dovrebbero iniziare con la codifica/punteggio da soli. Qualcosa come questo.:
Si dovrebbero codificare gli alleli nella prole con riferimento agli alleli nei loro genitori, ad esempio, per la popolazione biparentale, allele del genitore A = 0, allele del genitore B = 1, quindi una prole in una certa generazione dopo l'incrocio di i genitori con entrambi gli alleli del genitore A sarebbero 0+0=0, uno per ciascun genitore 0+1=1, entrambi del genitore B 1+1=2. In questo modo, si può semplicemente osservare la prole e contare gli alleli in base al codice 0,1,2.
Per l'impollinazione aperta, suppongo che l'utente non conosca i maschi, conosca solo la femmina, il codice sopra funziona ancora, l'allele della femmina ottiene il codice 0, qualsiasi altro maschio ottiene il codice 1.
Non è un'ottima risposta, ma spero che offra un po' di chiarezza.
