Ich habe einen Kunden, der von JMP Genomics zu JMP Pro gewechselt ist und einen Analyse-Workflow nachbilden möchte.
Hier ist die Beschreibung seiner gewünschten Analyse:
Ich versuche, den Anteil der väterlichen Allele in einem Nachkommensatz zu bestimmen und/oder eine Schätzung der Introgression der männlichen Genetik in die Nachkommen zu erhalten. Der Entwurf bestand aus einer gepaarten Kreuzung (biparental) und dem anderen aus offener Bestäubung (ein Weibchen und mehrere Männchen). Ich erinnere mich, dass dies in JMPGenomics möglich ist, kann mich aber nicht an die Schritte erinnern. Der Genotyp-Datensatz hat das SNP-Bewertungssystem 0,1,2 (die 2 ist die Heterozygote).
Ist dieser Workflow in JMP Pro möglich? Wenn ja, möchte ich einige allgemeine Hinweise zu den Schritten und Plattformen geben, die wir zur Replikation der Analyse verwenden würden.
Für jede Beratung durch die Experten von JMP Genomics wären wir sehr dankbar!
Dank im Voraus,
HALLO @scott_allen ,
Ich habe bei der Entwicklung nachgefragt und es sieht so aus, als hätte JMP Genomics diese Art von Analyse nie durchgeführt. In JMP Pro (oder JMP) gibt es nichts Spezielles, das dies automatisch für sie erledigt. Sie müssten damit beginnen, die Codierung/Bewertung selbst durchzuführen. Etwas wie das.:
Man müsste Allele in den Nachkommen unter Bezugnahme auf die Allele in ihren Eltern kodieren, zum Beispiel für die biparentale Population, Allel von Elternteil A = 0, Allel von Elternteil B = 1, also ein Nachkomme in einer Generation nach der Kreuzung von Eltern mit beiden Allelen von Elternteil A wären 0+0=0, eines für jeden Elternteil 0+1=1, beide von Elternteil B 1+1=2. Auf diese Weise kann man sich einfach die Nachkommen ansehen und Allele anhand des 0,1,2-Codes zählen.
Für die offene Bestäubung gehe ich davon aus, dass der Benutzer die Männchen nicht kennt, sondern nur das Weibchen, der obige Code funktioniert immer noch, das Allel des Weibchens erhält den Code 0, jedes andere Männchen erhält den Code 1.
Keine gute Antwort, aber ich hoffe, sie bietet etwas Klarheit.
