J'ai un client qui est passé de JMP Genomics à JMP Pro et qui cherche à reproduire un flux de travail d'analyse.
Voici la description de son analyse souhaitée :
J'essaie de déterminer la proportion d'allèles paternels dans une descendance et/ou d'obtenir une estimation de l'introgression de la génétique mâle dans la descendance. Le modèle consistait en un croisement apparié (biparental) et un autre issu d'une pollinisation libre (une femelle et plusieurs mâles). Je me souviens que cela peut être fait dans JMPGenomics mais je ne me souviens pas des étapes. L'ensemble de données génotypiques a le système de notation SNP 0,1,2 (le 2 étant l'hétérozygote).
Ce flux de travail est-il possible dans JMP Pro ? Si tel est le cas, j'aimerais fournir des conseils généraux sur les étapes et les plates-formes que nous utiliserions pour reproduire l'analyse.
Tout conseil des experts de JMP Genomics serait très apprécié !
Merci d'avance,
SALUT @scott_allen ,
J'ai demandé au développement et il semble que JMP Genomics n'ait jamais fait ce type d'analyse. Il n'y a rien de spécifique dans JMP Pro (ou JMP) qui ferait automatiquement cela pour eux. Ils devraient commencer par faire eux-mêmes le codage/la notation. Quelque chose comme ça.:
Il faudrait coder les allèles de la progéniture en référence aux allèles de leurs parents, par exemple, pour la population biparentale, allèle du parent A = 0, allèle du parent B = 1, donc une progéniture dans une génération après le croisement de les parents avec les deux allèles du parent A seraient 0+0=0, un pour chaque parent 0+1=1, tous deux du parent B 1+1=2. En procédant de cette façon, il suffit de regarder la progéniture et de compter les allèles en fonction du code 0,1,2.
Pour la pollinisation libre, je suppose que l'utilisateur ne connaît pas les mâles, ne connaît que la femelle, le code ci-dessus fonctionne toujours, l'allèle de la femelle obtient le code 0, tout autre mâle obtient le code 1.
Ce n'est pas une bonne réponse, mais j'espère qu'elle apportera une certaine clarté.
