在 JMP Pro 中複製 JMP Genomics 工作流程我有一位客戶從 JMP Genomics 切換到 JMP Pro,並且希望複製分析工作流程。
以下是他想要的分析的描述:
我試圖確定後代組中父本等位基因的比例和/或估計雄性遺傳學向後代的滲入。 設計包括配對雜交(雙親)和另一個開放授粉的(一個雌性和多個雄性)。 我記得這可以在 JMPGenomics 中完成,但我記不起步驟了。 基因型資料集的 SNP 評分系統為 0、1、2(2 是雜合子)。
此工作流程在 JMP Pro 中可行嗎? 如果是這樣,我想就我們用來複製分析的步驟和平台提供一些一般指導。
如果我們能得到 JMP Genomics 專家的任何指導,我們將不勝感激!
先謝,
回覆:在 JMP Pro 中複製 JMP Genomics 工作流程你好@斯科特艾倫,
我已詢問過開發人員,看起來 JMP Genomics 從未進行過此類分析。 JMP Pro(或 JMP)中沒有任何具體內容可以自動為他們執行此操作。 他們必須從自己編碼/評分開始。 像這樣的東西:
人們必須參考父母的等位基因對後代的等位基因進行編碼,例如,對於雙親群體,來自父母A的等位基因= 0,來自父母B的等位基因= 1,因此雜交後某一代的後代具有來自親代A 的兩個等位基因的親代將是0+0=0,每個親代一個0+1=1,都來自親代B 1+1=2。 透過這種方式,人們可以只查看後代並根據 0,1,2 代碼計算等位基因。
對於開放授粉,我假設使用者不知道雄性,只知道雌性,上面的代碼仍然有效,來自雌性的等位基因得到代碼 0,任何其他雄性得到代碼 1。
這不是一個很好的答案,但希望它能提供一些清晰度。