RE: ケース番号 00060333
簡単にわかること:グラフ ビルダーのドラッグ アンド ドロップ機能をリクエストして、対象となる選択した変数全体にわたって複数のデータ ポイントを折りたたむようにしています (例:かぶせる』をお知らせすることを目的としております。より賢いSEM エラー バーは、表示されるデータ ポイントの残りの数の N によって決定されます。 これにより、統計的に誤解を招く複数の視覚化や不正確な視覚化が修正され、効率が大幅に向上しますが、現在は複雑なデータセットの探索を困難にする多数の回避策が必要です。 この機能により、JMP は信じられないほど強力になります。
このウィッシュリストリクエストのきっかけは何ですか?私の名前はブライアン・スワイス、医学博士です。 私はニューヨーク市のマウント サイナイ病院に勤務する精神科医および行動神経科学者です。 私は主に、非常に大規模で複雑なデータセットを生成するマウスの行動データを扱っています。 データを分析するために JMP で作成したテーブルには、毎日の体重測定などの単純な項目や、意思決定タスクでテストされた試行反応時間などのより複雑なタスクのパフォーマンス測定など、さまざまな種類のデータが含まれています (試行回数が 500 回になることもあります)。マウスごとに別々の行 x 40 マウス x 60 日で、簡単に 100 万行に達します。 私はマウス全体の平均を分析することが多く、分析を特定の週のテストに限定したり、特定の日または複数日の最初の 10 回の試行のみに限定したりするなど、さまざまな方法でデータをスライスします。 図を生成するときは、Graph Builder を使用してこの膨大なデータセットを流動的に探索することが重要です。 平均の標準誤差を棒グラフまたは折れ線グラフにプロットする必要がよくあります。行動神経科学では、N 個のサンプルに対する望ましい誤差項は生物数/マウスの数のレベルです。 多数の反復またはサンプルがあるデータセットでは、特に 1 日内または数日間にわたって複数回取得された測定であり、上記のようにグループ平均をプロットしたい場合、グラフ ビルダーの N が小さいため、SEM エラーバーが誤って過小評価されることがよくあります。表示内のサンプルの総数を使用します (たとえば、実際には単純に N=40 マウスにする必要がある場合に、日をまたがってビン化すると N=5,000 サンプルになる場合があります)。
改善してほしいことは何ですか?
私は JMP サポート チームのメンバーと電子メールで長い会話を続けました。 私たちは最終的に、私が望む機能がグラフ ビルダー内でネイティブに正しく実装されれば非常に価値のあるものになるだろうということを一緒に決定しました。現時点では、多くの追加のテーブル サマリー、データ列、またはスクリプトを生成する必要があるなど、多くの回避策が必要になる可能性がありますが、これらの機能はすぐに使用できなくなります。変数の数が増加した場合、またはデータのビン化方法を変更し続ける必要がある場合。
以下では、サンプル データ、問題、および考えられる解決策を一連のスクリーンショットで説明します。
まず、ここでは 10 日間毎日採取された 10 匹のマウスの体重のデータ例を示します。したがって、合計 N=100 サンプルになります。
次に、グラフ ビルダーのグループ X にドロップしたときの 10 匹のマウスの平均体重を日ごとにプロットします。
N=10ドット/日レベルで鑑賞できます。 ここで、平均誤差バーと SEM 誤差バーは正しく、希望どおりです。 これは以下ですぐに問題になります。
グループ X から日を削除するだけで、すべてのデータが複数の日にわたってまとめてポーリングされますが、ここでは 100 個のサンプルすべてが表示されます。 各マウスはここに 10 回表示されます。 ここでは、平均値は問題ありませんが、SEM 誤差バーでは誤差項として N=100 が使用されており、行動神経科学ではほぼ常にそうである n=10 のマウスは使用されていません。 これは単純で一般的な問題であり、JMP がグラフ ビルダー内のネイティブ ソリューションに組み込まれていれば非常に便利です。 これがどのように複雑化し、現在の回避策では簡単に解決できないかについては、以下を参照してください。
当然のことながら、テーブル サマリー機能を使用することです。
多くの場合、これに頼る必要がありますが、より複雑な変数がある場合は、通常、元のデータセットから何百ものテーブル要約を作成する必要があります。 データを調査すると、すぐに手に負えなくなります。 そして通常は、データ フィルターを適用したり、要約の要約を作成したりする必要があるという複雑な仕組みと組み合わせられます。
JMP サポート メンバーの 1 人は、マウス 1 匹あたり 10 日間の平均を計算する新しい列を追加することを提案しました。以下に示すように、この種の機能は機能しますが、体重のような 1 つの変数だけを扱うのは非常に面倒で、あまり役に立たないでしょう。たとえば、行動タスクのパフォーマンス測定など、より複雑な 100 個の他の変数を含むテーブルに変換します。 それだけで 8 列 x 100 個の変数が追加され、管理できなくなります。 このような列の数式を抽出し、数式で使用されている変数を置き換えることさえ理想的ではなく、非常に手作業で手間がかかります。
これは、データを複数のレベルに細分化したい場合、特にレベルが非対称のデータ ポイントで構成されている場合に当てはまります。 特に、グラフ ビルダーでデータを調査し、これらのビニング パラメーターをその場で頻繁に変更する場合は特にそうです。 以下を参照してください。
これは、ローカル データ フィルターを使用してデータをサブセット化する別の使用例です。 これをスクリプトや新しい列で実装するのはますます問題になります。
グループ X レベルで日ごとに分割すると、左側にある 7 ～ 10 日のみをサブセット化して含めると、もちろん、意図したとおり、選択した日だけでバーごとに n=10 が表示されますが、プールされたデータは表示されないことがわかります。右側はまだ n=40 です。
基本的に、最適な解決策は、グラフ ビルダーの新しいドロップ ゾーンに対象の変数をドラッグ アンド ドロップする方法を実装することです。 以下に、私が想像している 2 つの解決策について説明します。
左側に注釈が付けられている赤は「マウス ID」中心のメソッドですグラフ ビルダーでマウス ID をドロップする方法として、および/またはエラー間隔/エラー スタイル オプションで選択するオプションとして、目的はマウスあたり 10 個のデータ ポイントをマウスあたり 1 つのデータ ポイントにネイティブに減らすことです。すべてここのグラフビルダー内にあります。 したがって、一日の終わりに、誤差項を決定したい変数をグラフ ビルダーに伝えることができます (たとえば、一意の値、残りのドットの平均を通じて)。 右側に注釈が付けられている緑は「日」中心の方法です- この特定の例では気にしない変数ですが、折りたたむ必要があります。 これを次のように考えてください。 「オーバーレイの反対」 - この変数で分割する代わりに、この特定のディメンション全体でデータを折りたたみたい（本質的には意図的に残すのと同じ）日表の概要グループ化変数から除外されます）。 red メソッドの方が理にかなっていると思いますが、ユーザーは明示的にどの変数 (日など) を折りたたもうとしているのかを何らかの方法で通知したいのかもしれません。 いずれにせよ、両方とも正しい誤差項 (n=10 合計データ ポイント、マウスごとに 1) を含む理想的な棒グラフが得られます。 グラフ ビルダーでデータを視覚的に探索する場合、これにより、上で説明したより複雑な例 (カスタム レベル、データ フィルターなど) を解決できる可能性があります。
この考え方がなぜ重要なのでしょうか?
私の提案を使用してエラーバーをよりスマートに調整する迅速な方法があれば、グラフ ビルダーにネイティブで直接組み込まれていれば、複雑なデータ セットの調査が非常に効率的に行えるようになります。 これにより、多くの科学者や研究者が想定される誤差項として個々の生物を使用するときに実行する基礎的な分析を表していないことが多い、誤解を招く、または統計的に不正確な複数の視覚化が修正されます。 これにより、大規模または複雑なデータセットの管理がすぐに面倒になったり、維持できなくなったり、管理が不可能になったりする多くの回避策を回避できます。Graph Builder でのこのレベルの制御は前例のないものであり、ユニークで信じられないほど強力なツールになると思います。
