Hola, estoy pasando de ejecutar datos de microarrays en JMP Genomics a JMP Pro.
Utilizo habitualmente los scripts predefinidos de JMP Genomics, como:
Procesos analíticos/Flujos de trabajo/Básico/Flujo de trabajo de expresión básico o
Procesos Analíticos/Expresión/Normalización/Datos Estandarizar procedimientos.
Pude reproducir los pasos de normalización STD del script de Normalización pero no el flujo de trabajo de Expresión Básica.
Una de las razones es que es difícil identificar todos los pasos utilizados en el análisis para calcular las mismas columnas necesarias para crear los gráficos de volcanes (ejemplo de tabla de datos adjunta del resultado "Ver datos"), mapas de calor y de conglomerados y gráficos de PCA ( captura de pantalla adjunta). Otra razón es que encuentro instrucciones para usar las opciones de "Detección de respuestas" de JMP Pro en "Analizar/Detección/Detección de respuestas" o "Analizar/Ajustar modelo/Personalidad: Detección de respuestas", pero ninguna de ellas tiene todas las opciones disponibles. El primero proporciona los gráficos de los volcanes pero no permite modelos complejos y el segundo permite modelos complejos (pero no variables aleatorias) pero no proporciona los gráficos de los volcanes. Ambos muestran un valor de corte de p de 0,01 y 0,05 para LogWorth, pero los gráficos se realizan solo para p=0,01. ¿Hay alguna manera de cambiarlo a 0,05 o definir otro valor p? ¿Existe alguna forma de reproducir el mismo análisis por lotes incluido en el "Flujo de trabajo de expresión básico" en JMP Pro?
Hola @JeandO ,
Bienvenido a la comunidad.
Algunas de las opciones del flujo de trabajo de expresión básico no se trasladaron a JMP Pro. Específicamente los pasos de normalización. La administración de productos reconoció esta solicitud y lo agregué a la lista de clientes que solicitan esta función.
Los demás elementos se implementaron de forma incremental a medida que las versiones y la gente los solicitaban. Por ejemplo, la detección de respuestas dentro del modelo de ajuste permite modelos más complejos, pero no con efectos aleatorios en la versión 17. En la versión 18, se agregarán efectos aleatorios.
Por ahora, parte de lo que busca debe realizarse manualmente. Como tomar el resultado de la Evaluación de respuesta (ya sea de Analizar>Detección o Analizar>Ajustar modelo) y generar/guardar las tablas (es decir, tablas de comparación) como una tabla de datos separada, luego usar el generador de gráficos para crear los gráficos y agregar líneas de referencia personalizadas.
Otras veces, como agrupación jerárquica y PCA (así como la parte de control de calidad de muestra con densidad como Y y contenedores de intensidad como X) se pueden realizar usando Ajustar Y por X, pero requiere algunos pasos.
En general, a mí también me gustaron mucho los flujos de trabajo de JMP Genomics y el método actual para intentar recrear los pasos es utilizar Workflow Builder para crear su propio flujo de trabajo y reutilizarlo más adelante.
Poner algunos de los elementos que mencionaste en el Lista de deseos ayudará a la gestión de productos a priorizar qué agregar, dónde y cuándo (también les dará a otros la oportunidad de votar).
Comencé a usar Proyectos para contener todos mis pasos de análisis, pero podría haber usado Workflow Builder para capturar los scripts creados en segundo plano para poder usarlos nuevamente más tarde. No estoy seguro si has visto esto seminario web , pero eche un vistazo a un análisis de ejemplo que hice y que podría haber capturado como un flujo de trabajo en el generador de flujo de trabajo que imitaría un flujo de trabajo en JMP Genomics.
Se pueden encontrar algunas publicaciones más sobre el análisis de expresión genética en JMP Pro aquí .
Seguimos mejorando JMP Pro para que contenga funciones como las que usted solicitó y le agradecemos su paciencia mientras las agregamos.
