Hola, estoy pasando de ejecutar datos de microarrays en JMP Genomics a JMP Pro.
Utilizo habitualmente los scripts predefinidos de JMP Genomics, como:
Procesos analíticos/Flujos de trabajo/Básico/Flujo de trabajo de expresión básico o
Procesos Analíticos/Expresión/Normalización/Datos Estandarizar procedimientos.
Pude reproducir los pasos de normalización STD del script de Normalización pero no el flujo de trabajo de Expresión Básica.
Una de las razones es que es difícil identificar todos los pasos utilizados en el análisis para calcular las mismas columnas necesarias para crear los gráficos de volcanes (ejemplo de tabla de datos adjunta del resultado "Ver datos"), mapas de calor y de conglomerados y gráficos de PCA ( captura de pantalla adjunta). Otra razón es que encuentro instrucciones para usar las opciones de "Detección de respuestas" de JMP Pro en "Analizar/Detección/Detección de respuestas" o "Analizar/Ajustar modelo/Personalidad: Detección de respuestas", pero ninguna de ellas tiene todas las opciones disponibles. El primero proporciona los gráficos de los volcanes pero no permite modelos complejos y el segundo permite modelos complejos (pero no variables aleatorias) pero no proporciona los gráficos de los volcanes. Ambos muestran un valor de corte de p de 0,01 y 0,05 para LogWorth, pero los gráficos se realizan solo para p=0,01. ¿Hay alguna manera de cambiarlo a 0,05 o definir otro valor p? ¿Existe alguna forma de reproducir el mismo análisis por lotes incluido en el "Flujo de trabajo de expresión básico" en JMP Pro?
