您好，我正在从在 JMP Genomics 中运行微阵列数据过渡到 JMP Pro。
我通常使用预定义的 JMP Genomics 脚本，例如：
分析过程/工作流程/基本/基本表达式工作流程或
分析过程/表达/标准化/数据标准化程序。
我能够重现标准化脚本的 STD 标准化步骤，但不能重现基本表达式工作流程。
原因之一是很难识别分析中使用的所有步骤，以便计算创建火山图（“查看数据”输出中附加的数据表示例）、聚类和热图以及 PCA 图（附截图）。 另一个原因是我在“分析/筛选/响应筛选”或“分析/拟合模型/个性：响应筛选”下找到了使用 JMP Pro 的“响应筛选”选项的说明，但没有一个提供所有可用选项。 第一个给出火山图，但不允许复杂模型，第二个允许复杂模型（但不允许随机变量），但不给出火山图。 它们都显示 LogWorth 的 p 值截止值为 0.01 和 0.05，但仅针对 p=0.01 绘制图表。 有没有办法将其更改为 0.05 或定义另一个 p 值？ 有没有办法重现 JMP Pro 中“基本表达式工作流程”中包含的相同批次分析？
你好@JeandO ,
欢迎来到社区。
基本表达式工作流程中的一些选项未移植到 JMP Pro。 具体来说就是标准化步骤。 产品管理已确认此请求，并且我将您添加到请求此功能的客户列表中。
其他项目是根据版本和人们的要求逐步实现的。 例如，拟合模型中的响应筛选允许使用更复杂的模型，但在版本 17 中不支持随机效应。 在18版本中，将添加随机效果。
目前，您所寻求的某些操作必须手动执行。 就像获取响应筛选输出（来自分析>筛选或分析>拟合模型）并生成/保存表格（意味着比较表）作为单独的数据表，然后使用图形生成器来制作图形并添加自定义参考线。
其他时候，例如层次聚类和 PCA（以及密度为 Y 和强度箱为 X 的示例 QC 部分）可以使用 Fit Y by X 来完成，但这需要几个步骤。
总的来说，我也非常喜欢 JMP Genomics 中的工作流程，当前尝试重新创建步骤的方法是使用工作流程生成器创建您自己的工作流程以便稍后重复使用。
将您提到的一些项目放在愿望清单将帮助产品管理确定添加内容、添加地点和时间的优先级（也给其他人提供投票的机会）。
我开始使用项目来包含所有分析步骤，但我可以使用工作流生成器来捕获在后台创建的脚本，以便稍后再次使用它们。 我不确定你是否看过这个网络研讨会，但请看一下我所做的示例分析，我可以将其捕获为工作流程构建器中的工作流程，以模仿 JMP Genomics 中的工作流程。
可以找到更多有关 JMP Pro 中基因表达分析的帖子这里。
我们正在继续增强 JMP Pro 以包含您所请求的功能，感谢您在我们添加这些功能时的耐心等待。
