안녕하세요. 저는 JMP Genomics의 마이크로어레이 데이터 실행에서 JMP Pro로 전환 중입니다.
저는 다음과 같이 미리 정의된 JMP Genomics 스크립트를 일상적으로 사용합니다.
분석 프로세스/작업 흐름/기본/기본 발현 작업 흐름 또는
분석 프로세스/표현/정규화/데이터 표준화 절차.
정규화 스크립트의 STD 정규화 단계를 재현할 수 있었지만 기본 표현식 워크플로는 재현할 수 없었습니다.
한 가지 이유는 화산 플롯("데이터 보기" 출력에서 첨부된 데이터 테이블의 예), 클러스터 및 열 지도 및 PCA 플롯( 스크린샷 첨부). 또 다른 이유는 "분석/선별/응답 선별" 또는 "분석/맞춤 모델/성격: 응답 선별"에서 JMP Pro의 "응답 선별" 옵션을 사용하는 지침을 찾았지만 그 중 어느 것도 모든 옵션을 사용할 수 없기 때문입니다. 첫 번째는 화산 플롯을 제공하지만 복잡한 모델을 허용하지 않으며 두 번째는 복잡한 모델(확률 변수는 아님)을 허용하지만 화산 플롯을 제공하지 않습니다. 둘 다 LogWorth에 대해 p-값 컷오프가 0.01과 0.05로 표시되지만 그래프는 p=0.01에 대해서만 작성됩니다. 0.05로 변경하거나 다른 p-값을 정의할 수 있는 방법이 있나요? JMP Pro의 "기본 표현식 작업 흐름"에 포함된 동일한 배치 분석을 재현할 수 있는 방법이 있습니까?
안녕 @JeandO ,
커뮤니티에 오신 것을 환영합니다.
기본 표현식 작업 흐름의 일부 옵션이 JMP Pro로 포팅되지 않았습니다. 특히 정규화 단계. 제품 관리팀에서 이 요청을 확인했으며 이 기능을 요청하는 고객 목록에 귀하를 추가했습니다.
다른 항목은 버전과 사람들이 요청함에 따라 점진적으로 구현되었습니다. 예를 들어 적합 모델 내의 응답 선별은 더 복잡한 모델을 허용하지만 버전 17에서는 무작위 효과를 허용하지 않습니다. 버전 18에서는 랜덤 효과가 추가됩니다.
현재로서는 원하는 작업 중 일부를 수동으로 수행해야 합니다. 응답 선별 출력(분석>선별 또는 분석>모델 적합)을 가져와 테이블(비교 테이블을 의미함)을 별도의 데이터 테이블로 생성/저장하는 것과 마찬가지로 그래프 빌더를 사용하여 그래프를 만들고 사용자 정의 참조선을 추가합니다.
계층적 군집화 및 PCA(밀도가 Y이고 강도 구간이 X인 샘플 QC 부분)와 같은 다른 경우에는 Fit Y by X를 사용하여 수행할 수 있지만 몇 가지 단계가 필요합니다.
전반적으로 저 역시 JMP Genomics의 작업 흐름을 정말 좋아했으며, 현재 단계를 다시 만들고 시도하는 방법은 Workflow Builder를 사용하여 나중에 재사용할 고유한 작업 흐름을 만드는 것입니다.
언급하신 내용 중 일부를 올려드립니다. 위시리스트 제품 관리가 무엇을, 어디에, 언제 추가할지 우선순위를 정하는 데 도움이 됩니다(또한 다른 사람에게도 투표할 기회를 제공합니다).
모든 분석 단계를 포함하기 위해 프로젝트를 사용하기 시작했지만 Workflow Builder를 사용하여 백그라운드에서 생성된 스크립트를 캡처하여 나중에 다시 사용할 수도 있었습니다. 이걸 보셨는지 모르겠네요 웹 세미나 하지만 JMP Genomics의 작업 흐름을 모방하는 작업 흐름 빌더의 작업 흐름으로 캡처할 수 있었던 분석 사례를 살펴보십시오.
JMP Pro의 유전자 발현 분석에 대한 추가 게시물을 찾을 수 있습니다. 여기 .
우리는 귀하가 요청한 기능을 포함하도록 JMP Pro를 지속적으로 개선하고 있으며, 기능을 추가할 때 기다려 주셔서 감사합니다.
