JMP Pro での JMP ゲノム スクリプトの再現こんにちは。JMP Genomics でのマイクロアレイ データの実行から JMP Pro に移行しています。
私は日常的に、次のような事前定義された JMP Genomics スクリプトを使用します。
分析プロセス/ワークフロー/基本/基本式ワークフローまたは
分析プロセス/式/正規化/データ 手順を標準化します。
正規化スクリプトの STD 正規化手順は再現できましたが、基本式ワークフローは再現できませんでした。
理由の 1 つは、火山プロット (「データの表示」出力から添付されたデータ テーブルの例)、クラスターとヒート マップ、および PCA プロット (添付のスクリーンショット)。 もう 1 つの理由は、JMP Pro の「分析/スクリーニング/応答スクリーニング」または「分析/モデル/パーソナリティの適合: 応答スクリーニング」の下に、JMP Pro の「応答スクリーニング」オプションを使用するための指示があるのですが、どのオプションにもすべてのオプションが使用可能ではないことです。 1 つ目は火山プロットを提供しますが、複雑なモデルは許可しません。2 つ目は、複雑なモデル (ただし確率変数は許可しません) を許可しますが、火山プロットは提供しません。 どちらも LogWorth の p 値カットオフが 0.01 および 0.05 であることを示していますが、グラフは p=0.01 についてのみ作成されています。 これを 0.05 に変更するか、別の p 値を定義する方法はありますか? 「基本式ワークフロー」に含まれる同じバッチ分析を JMP Pro で再現する方法はありますか?
高度な統計モデリング自動化とスクリプト作成データの探索と視覚化マスカスタマイゼーションウィンドウズRe: JMP Pro での JMP ゲノム スクリプトの再現こんにちは@JeandO 、
コミュニティへようこそ。
基本的な式ワークフローのオプションの一部は JMP Pro に移植されていません。 具体的には正規化のステップです。 製品管理はこのリクエストを承認したため、この機能をリクエストする顧客リストにあなたを追加しました。
他の項目は、バージョンやユーザーの要求に応じて段階的に実装されました。 たとえば、適合モデル内の応答スクリーニングでは、より複雑なモデルが可能ですが、バージョン 17 では変量効果は使用できません。 バージョン18ではランダム効果が追加されます。
現時点では、必要な作業の一部は手動で実行する必要があります。 応答スクリーニング出力を (分析 > スクリーニングまたは分析 > モデルの適合のいずれかから) 取得し、テーブル (比較テーブルを意味します) を別のデータテーブルとして生成/保存し、グラフビルダーを使用してグラフを作成し、カスタム参照線を追加するのと同様です。
階層的クラスタリングや PCA などの他の場合 (密度を Y、強度ビンを X としたサンプル QC パーツも同様) は、Fit Y by X を使用して実行できますが、それにはいくつかの手順が必要です。
全体として、私も JMP Genomics のワークフローがとても気に入りました。ステップを再作成する現在の方法は、ワークフロー ビルダーを使用して、後で再利用できる独自のワークフローを作成することです。
あなたが言及した項目のいくつかをウィッシュリスト製品管理が、いつ、どこに、何を追加するかを優先するのに役立ちます (また、他の人にも同様に投票する機会が与えられます)。
私は分析のすべてのステップを含めるためにプロジェクトを使い始めましたが、ワークフロー ビルダーを使用してバックグラウンドで作成されたスクリプトをキャプチャし、後で再度使用することもできました。 これを見たことがあるかどうかはわかりませんが、ウェビナーただし、JMP Genomics のワークフローを模倣するワークフロー ビルダーのワークフローとしてキャプチャできる、私が行った分析の例を見てください。
JMP Pro での遺伝子発現解析に関するその他の投稿もいくつかあります。ここ。
私たちは、お客様のご要望のような機能を搭載するために JMP Pro の機能強化を続けており、追加するまでしばらくお待ちいただきますようお願いいたします。
