こんにちは。JMP Genomics でのマイクロアレイ データの実行から JMP Pro に移行しています。
私は日常的に、次のような事前定義された JMP Genomics スクリプトを使用します。
分析プロセス/ワークフロー/基本/基本式ワークフローまたは
分析プロセス/式/正規化/データ 手順を標準化します。
正規化スクリプトの STD 正規化手順は再現できましたが、基本式ワークフローは再現できませんでした。
理由の 1 つは、火山プロット (「データの表示」出力から添付されたデータ テーブルの例)、クラスターとヒート マップ、および PCA プロット (添付のスクリーンショット)。 もう 1 つの理由は、JMP Pro の「分析/スクリーニング/応答スクリーニング」または「分析/モデル/パーソナリティの適合: 応答スクリーニング」の下に、JMP Pro の「応答スクリーニング」オプションを使用するための指示があるのですが、どのオプションにもすべてのオプションが使用可能ではないことです。 1 つ目は火山プロットを提供しますが、複雑なモデルは許可しません。2 つ目は、複雑なモデル (ただし確率変数は許可しません) を許可しますが、火山プロットは提供しません。 どちらも LogWorth の p 値カットオフが 0.01 および 0.05 であることを示していますが、グラフは p=0.01 についてのみ作成されています。 これを 0.05 に変更するか、別の p 値を定義する方法はありますか? 「基本式ワークフロー」に含まれる同じバッチ分析を JMP Pro で再現する方法はありますか?
