Salve, sto passando dall'esecuzione dei dati di microarray in JMP Genomics a JMP Pro.
Utilizzo abitualmente gli script JMP Genomics predefiniti come:
Processi analitici/Flussi di lavoro/Flusso di lavoro di espressione di base o
Processi analitici/Espressione/Normalizzazione/Procedure di standardizzazione dei dati.
Sono riuscito a riprodurre i passaggi di normalizzazione STD dello script di normalizzazione ma non il flusso di lavoro dell'espressione di base.
Uno dei motivi è che è difficile identificare tutti i passaggi utilizzati nell'analisi per calcolare le stesse colonne necessarie per creare i grafici del vulcano (esempio di tabella dati allegata dall'output "Visualizza dati"), cluster e mappa termica e grafici PCA ( screenshot allegato). Un altro motivo è che trovo le istruzioni per utilizzare le opzioni "Screening della risposta" di JMP Pro in "Analizza/Screening/Screening della risposta" o "Analizza/Adatta modello/Personalità: Screening della risposta", ma in nessuna di esse sono disponibili tutte le opzioni. Il primo fornisce i grafici del vulcano ma non consente modelli complessi e il secondo consente modelli complessi (ma non variabili casuali) ma non fornisce i grafici del vulcano. Entrambi mostrano un valore limite p pari a 0,01 e 0,05 per LogWorth, ma i grafici sono realizzati solo per p=0,01. C'è un modo per cambiarlo in 0,05 o definire un altro valore p? Esiste un modo per riprodurre la stessa analisi batch inclusa nel "Flusso di lavoro delle espressioni di base" in JMP Pro?
CIAO @JeandO ,
Benvenuto nella comunità.
Alcune delle opzioni nel flusso di lavoro delle espressioni di base non sono state trasferite su JMP Pro. Nello specifico i passaggi di normalizzazione. La gestione del prodotto ha riconosciuto questa richiesta e ti ho aggiunto all'elenco dei clienti che richiedono questa funzionalità.
Gli altri elementi sono stati implementati in modo incrementale man mano che le versioni e le persone li richiedevano. Ad esempio, lo screening della risposta all'interno di Stima modello consente modelli più complessi, ma non con effetti casuali nella versione 17. Nella versione 18 verranno aggiunti effetti casuali.
Per ora, parte di ciò che cerchi deve essere eseguito manualmente. Ad esempio, prendere l'output dello screening della risposta (da Analizza>Screening o Analizza>Adatta modello) e generare/salvare le tabelle (ovvero tabelle di confronto) come una tabella dati separata, quindi utilizzare il generatore di grafici per creare i grafici e aggiungere linee di riferimento personalizzate.
Altre volte, come il clustering gerarchico e la PCA (così come la parte QC campione con densità come Y e contenitori di intensità come X) possono essere eseguiti utilizzando Adatta Y per X, ma sono necessari alcuni passaggi.
Nel complesso, anche a me sono piaciuti molto i flussi di lavoro di JMP Genomics e il metodo attuale per provare a ricreare i passaggi consiste nell'utilizzare Workflow Builder per creare il proprio flusso di lavoro da riutilizzare in seguito.
Inserendo alcuni degli elementi che hai menzionato nel file Lista dei desideri aiuterà la gestione del prodotto a stabilire la priorità su cosa aggiungere, dove e quando (darà anche agli altri la possibilità di votare).
Ho iniziato a utilizzare Projects per contenere tutte le mie fasi di analisi, ma avrei potuto utilizzare Workflow Builder per acquisire gli script creati in background in modo da poterli riutilizzare in seguito. Non sono sicuro che tu l'abbia visto seminario Web , ma dai un'occhiata a un esempio di analisi che ho eseguito e che avrei potuto acquisire come flusso di lavoro nel generatore di flussi di lavoro in grado di imitare un flusso di lavoro in JMP Genomics.
È possibile trovare altri post sull'analisi dell'espressione genica in JMP Pro Qui .
Stiamo continuando a migliorare JMP Pro per contenere funzionalità come quelle da te richieste e ti ringraziamo per la pazienza dimostrata mentre le aggiungiamo.
