Salve, sto passando dall'esecuzione dei dati di microarray in JMP Genomics a JMP Pro.
Utilizzo abitualmente gli script JMP Genomics predefiniti come:
Processi analitici/Flussi di lavoro/Flusso di lavoro di espressione di base o
Processi analitici/Espressione/Normalizzazione/Procedure di standardizzazione dei dati.
Sono riuscito a riprodurre i passaggi di normalizzazione STD dello script di normalizzazione ma non il flusso di lavoro dell'espressione di base.
Uno dei motivi è che è difficile identificare tutti i passaggi utilizzati nell'analisi per calcolare le stesse colonne necessarie per creare i grafici del vulcano (esempio di tabella dati allegata dall'output "Visualizza dati"), cluster e mappa termica e grafici PCA ( screenshot allegato). Un altro motivo è che trovo le istruzioni per utilizzare le opzioni "Screening della risposta" di JMP Pro in "Analizza/Screening/Screening della risposta" o "Analizza/Adatta modello/Personalità: Screening della risposta", ma in nessuna di esse sono disponibili tutte le opzioni. Il primo fornisce i grafici del vulcano ma non consente modelli complessi e il secondo consente modelli complessi (ma non variabili casuali) ma non fornisce i grafici del vulcano. Entrambi mostrano un valore limite p pari a 0,01 e 0,05 per LogWorth, ma i grafici sono realizzati solo per p=0,01. C'è un modo per cambiarlo in 0,05 o definire un altro valore p? Esiste un modo per riprodurre la stessa analisi batch inclusa nel "Flusso di lavoro delle espressioni di base" in JMP Pro?
