Hallo, ich wechsle von der Ausführung von Microarray-Daten in JMP Genomics zu JMP Pro.
Ich verwende routinemäßig die vordefinierten JMP Genomics-Skripte wie:
Analytische Prozesse/Workflows/Basic/Basic Expression Workflow oder
Analytische Prozesse/Ausdruck/Normalisierung/Daten Verfahren standardisieren.
Ich konnte die STD-Normalisierungsschritte des Normalisierungsskripts reproduzieren, aber nicht den Basic Expression-Workflow.
Ein Grund dafür ist, dass es schwierig ist, alle Schritte zu identifizieren, die bei der Analyse zum Berechnen derselben Spalten verwendet wurden, die zum Erstellen der Vulkandiagramme (Beispiel einer Datentabelle, die der Ausgabe „Daten anzeigen“ beigefügt ist), der Cluster- und Wärmekarte sowie der PCA-Diagramme ( beigefügter Screenshot). Ein weiterer Grund ist, dass ich Anweisungen zur Verwendung der „Antwort-Screening“-Optionen von JMP Pro unter „Analysieren/Screening/Antwort-Screening“ oder „Analysieren/Modell anpassen/Persönlichkeit: Antwort-Screening“ finde, aber bei keiner davon sind alle Optionen verfügbar. Die erste gibt die Vulkandiagramme an, erlaubt aber keine komplexen Modelle, und die zweite erlaubt komplexe Modelle (aber keine Zufallsvariablen), liefert aber keine Vulkandiagramme. Beide weisen einen p-Wert-Grenzwert von 0,01 und 0,05 für LogWorth auf, Diagramme werden jedoch nur für p=0,01 erstellt. Gibt es eine Möglichkeit, ihn auf 0,05 zu ändern oder einen anderen p-Wert zu definieren? Gibt es eine Möglichkeit, dieselbe Stapelanalyse zu reproduzieren, die im „Basic Expression Workflow“ in JMP Pro enthalten ist?
