Bonjour, je passe de l'exécution de données de micropuces dans JMP Genomics à JMP Pro.
J'utilise régulièrement les scripts JMP Genomics prédéfinis tels que :
Processus analytiques/flux de travail/de base/flux de travail d'expression de base ou
Processus analytiques/Expression/Normalisation/Données Standardiser les procédures.
J'ai pu reproduire les étapes de normalisation STD du script de normalisation mais pas le workflow Basic Expression.
L'une des raisons est qu'il est difficile d'identifier toutes les étapes utilisées par l'analyse afin de calculer les mêmes colonnes nécessaires pour créer les tracés du volcan (exemple de tableau de données joint à partir de la sortie "Afficher les données"), les clusters et les cartes thermiques et les tracés PCA ( capture d'écran ci-jointe). Une autre raison est que je trouve des instructions pour utiliser les options « Criblage des réponses » de JMP Pro sous « Analyser/Criblage/Criblage des réponses » ou « Analyser/Ajuster le modèle/Personnalité : Criblage des réponses », mais aucune d'entre elles n'a toutes les options disponibles. Le premier donne les tracés des volcans mais n'autorise pas les modèles complexes et le second autorise les modèles complexes (mais pas les variables aléatoires) mais ne donne pas les tracés des volcans. Les deux affichent des seuils de valeur p de 0,01 et 0,05 pour LogWorth, mais les graphiques sont réalisés uniquement pour p=0,01. Existe-t-il un moyen de le changer à 0,05 ou de définir une autre valeur p ? Existe-t-il un moyen de reproduire la même analyse par lots incluse dans le « Workflow d'expression de base » dans JMP Pro ?
Salut @JeandO ,
Bienvenue dans la communauté.
Certaines options du flux de travail d'expression de base n'ont pas été portées vers JMP Pro. Plus précisément les étapes de normalisation. La gestion des produits a accusé réception de cette demande et je vous ai ajouté à la liste des clients demandant cette fonctionnalité.
Les autres éléments ont été implémentés progressivement au fur et à mesure des versions et des demandes des utilisateurs. Par exemple, le filtrage des réponses dans Fit Model permet des modèles plus complexes, mais pas avec des effets aléatoires dans la version 17. En version 18, des effets aléatoires seront ajoutés.
Pour l’instant, une partie de ce que vous recherchez doit être effectuée manuellement. C'est comme prendre la sortie du dépistage des réponses (à partir d'Analyse>Screening ou Analyse>Ajuster le modèle) et générer/enregistrer les tableaux (c'est-à-dire les tableaux de comparaison) en tant que tableau de données distinct, puis utiliser le générateur de graphiques pour créer les graphiques et ajouter des lignes de référence personnalisées.
D'autres fois, comme le clustering hiérarchique et l'ACP (ainsi que l'exemple de partie QC avec la densité en Y et les compartiments d'intensité en X) peuvent être effectués en utilisant Ajuster Y par X, mais cela prend quelques étapes.
Dans l'ensemble, j'ai moi aussi beaucoup aimé les flux de travail dans JMP Genomics et la méthode actuelle pour essayer de recréer les étapes consiste à utiliser Workflow Builder pour créer votre propre flux de travail à réutiliser plus tard.
Mettre certains des éléments que vous avez mentionnés sur le Liste de souhaits aidera la gestion des produits à prioriser ce qu'il faut ajouter, où et quand (donne également aux autres la possibilité de voter).
J'ai commencé à utiliser Projects pour contenir toutes mes étapes d'analyse, mais j'aurais pu utiliser Workflow Builder pour capturer les scripts créés en arrière-plan afin de pouvoir les réutiliser plus tard. Je ne sais pas si vous avez vu ça séminaire en ligne , mais jetez un œil à un exemple d'analyse que j'ai effectué et que j'aurais pu capturer en tant que flux de travail dans le générateur de flux de travail qui imiterait un flux de travail dans JMP Genomics.
D'autres articles sur l'analyse de l'expression génique dans JMP Pro peuvent être trouvés ici .
Nous continuons d'améliorer JMP Pro pour contenir les fonctionnalités que vous avez demandées et nous vous remercions de votre patience pendant que nous les ajoutons.
