Bonjour, je passe de l'exécution de données de micropuces dans JMP Genomics à JMP Pro.
J'utilise régulièrement les scripts JMP Genomics prédéfinis tels que :
Processus analytiques/flux de travail/de base/flux de travail d'expression de base ou
Processus analytiques/Expression/Normalisation/Données Standardiser les procédures.
J'ai pu reproduire les étapes de normalisation STD du script de normalisation mais pas le workflow Basic Expression.
L'une des raisons est qu'il est difficile d'identifier toutes les étapes utilisées par l'analyse afin de calculer les mêmes colonnes nécessaires pour créer les tracés du volcan (exemple de tableau de données joint à partir de la sortie "Afficher les données"), les clusters et les cartes thermiques et les tracés PCA ( capture d'écran ci-jointe). Une autre raison est que je trouve des instructions pour utiliser les options « Criblage des réponses » de JMP Pro sous « Analyser/Criblage/Criblage des réponses » ou « Analyser/Ajuster le modèle/Personnalité : Criblage des réponses », mais aucune d'entre elles n'a toutes les options disponibles. Le premier donne les tracés des volcans mais n'autorise pas les modèles complexes et le second autorise les modèles complexes (mais pas les variables aléatoires) mais ne donne pas les tracés des volcans. Les deux affichent des seuils de valeur p de 0,01 et 0,05 pour LogWorth, mais les graphiques sont réalisés uniquement pour p=0,01. Existe-t-il un moyen de le changer à 0,05 ou de définir une autre valeur p ? Existe-t-il un moyen de reproduire la même analyse par lots incluse dans le « Workflow d'expression de base » dans JMP Pro ?
