您好，我正在從在 JMP Genomics 中運行微陣列資料過渡到 JMP Pro。
我通常使用預先定義的 JMP Genomics 腳本，例如：
分析流程/工作流程/基本/基本表達式工作流程或
分析過程/表達/標準化/資料標準化程序。
我能夠重現標準化腳本的 STD 標準化步驟，但不能重現基本表達式工作流程。
原因之一是很難識別分析中使用的所有步驟，以便計算創建火山圖（「查看資料」輸出中附加的資料表示例）、聚類和熱圖以及 PCA 圖（附截圖）。 另一個原因是我在「分析/篩選/回應篩選」或「分析/擬合模型/個性：回應篩選」下找到了使用 JMP Pro 的「回應篩選」選項的說明，但沒有一個提供所有可用選項。 第一個給出火山圖，但不允許複雜模型，第二個允許複雜模型（但不允許隨機變數），但不給出火山圖。 它們都顯示 LogWorth 的 p 值截止值為 0.01 和 0.05，但僅針對 p=0.01 繪製圖表。 有沒有辦法將其更改為 0.05 或定義另一個 p 值？ 有沒有辦法重現 JMP Pro 中「基本表達式工作流程」中包含的相同批次分析？
你好@JeandO ,
歡迎來到社區。
基本表達式工作流程中的一些選項未移植到 JMP Pro。 具體來說就是標準化步驟。 產品管理已確認此要求，並且我將您新增至要求此功能的客戶清單中。
其他項目是根據版本和人們的要求逐步實現的。 例如，擬合模型中的反應篩選允許使用更複雜的模型，但在版本 17 中不支援隨機效應。 在18版本中，將會加入隨機效果。
目前，您所尋求的某些操作必須手動執行。 就像獲取響應篩選輸出（來自分析>篩選或分析>擬合模型）並生成/保存表格（意味著比較表）作為單獨的數據表，然後使用圖形生成器來製作圖形並添加自訂參考線。
其他時候，例如層次聚類和 PCA（以及密度為 Y 和強度箱為 X 的範例 QC 部分）可以使用 Fit Y by X 來完成，但這需要幾個步驟。
總的來說，我也非常喜歡 JMP Genomics 中的工作流程，目前嘗試重新建立步驟的方法是使用工作流程產生器建立自己的工作流程以便稍後重複使用。
將您提到的一些項目放在願望清單將幫助產品管理確定添加內容、添加地點和時間的優先順序（也給其他人投票的機會）。
我開始使用專案來包含所有分析步驟，但我可以使用工作流程產生器來擷取在背景建立的腳本，以便稍後再次使用它們。 我不確定你是否看過這個網路研討會，但請看一下我所做的範例分析，我可以將其捕獲為工作流程建構器中的工作流程，該工作流程將模仿 JMP Genomics 中的工作流程。
可以找到更多有關 JMP Pro 中基因表現分析的帖子這裡。
我們正在繼續增強 JMP Pro 以包含您所要求的功能，感謝您在我們添加這些功能時的耐心等待。
