Análisis de correlación de datos distribuidos no normales a partir de análisis de secuenciaciónHola,
Puede que no haya investigado lo suficiente pero no encuentro la respuesta en la comunidad.
Tenemos datos tipo NGS, expresión de genes, que nos gustaría correlacionar entre diferentes zonas de muestra. Los datos no se distribuyen normalmente.
Tenemos varias entradas que dicen que debemos usar la transformación logarítmica para obtener una distribución normal.
Queremos estudiar la correlación, ¿podemos hacerlo con datos distribuidos no normales? ¿Necesitamos optar por la distribución de registros?
La correlación no es la misma usando uno u otro método, por lo que queremos estar seguros de que lo estamos haciendo de la manera correcta si no somos estadísticos.
Gracias a cualquiera que pueda ayudarnos en ese punto.
Ten un buen día
María
Análisis y modelado de datos básicosRe: Análisis de correlación de datos distribuidos no normales a partir de análisis de secuenciaciónHola @mgerusdurand , ¡Gracias por su pregunta!
Para sus datos, ¿son escasos (muchos ceros)? Si los datos no son muy escasos, entonces, en general, al igual que los datos de RNA-seq, recomendaríamos transformar los datos, por ejemplo, transformación logarítmica, y luego realizar análisis de correlación, reducción de dimensiones y visualización (PCA, UMAP, TSNE) y agrupación.
También existen diferentes tipos de correlaciones: correlación de Pearson, correlación de Spearman, tau de Kendall, etc. Dependiendo de cuál sea su interés de investigación, puede elegir diferentes métodos.
Re: Análisis de correlación de datos distribuidos no normales a partir de análisis de secuenciaciónGracias @MeichenDong !
No tenemos muchos ceros, estos no son datos de secuencias de ARN estándar porque están resueltos espacialmente. No quiero "ocultar" valores atípicos mediante una transformación de registro para no obtener la transformación recomendada. La correlación de Pearson sobre datos no paramétricos parece responder a nuestra pregunta en este contexto particular.
Gracias por tu ayuda
Re: Análisis de correlación de datos distribuidos no normales a partir de análisis de secuenciaciónYo también tengo el mismo problema.
Re: Análisis de correlación de datos distribuidos no normales a partir de análisis de secuenciaciónHola @CrossoverBird55 , ¿hay algún problema específico que podamos ayudar?
La forma de transformar/normalizar los datos también depende de los planes de análisis posteriores.
