Analisi della correlazione di dati distribuiti non normali dalle analisi di sequenziamentoCiao,
Potrei non aver scavato abbastanza, ma non trovo la risposta nella comunità.
Disponiamo di dati simili a NGS, espressione di geni, che vorremmo correlare tra le diverse zone campione. I dati non sono distribuiti normalmente.
Abbiamo vari input che dicono che dovremmo usare la trasformazione del log per ottenere una distribuzione normale.
Vogliamo studiare questa correlazione, possiamo farlo su dati distribuiti non normali? Dobbiamo procedere alla distribuzione dei log?
La correlazione non è la stessa utilizzando l'uno o l'altro metodo, quindi vogliamo essere sicuri di farlo nel modo giusto se non siamo statistici.
Grazie a chiunque possa aiutarci su questo punto.
Buona giornata
Maria
Analisi e modellazione dei dati di baseRi: Analisi della correlazione di dati distribuiti non normali dalle analisi di sequenziamentoCIAO @mgerusdurand , Grazie per la tua domanda!
Per quanto riguarda i tuoi dati, sono scarsi (molti zeri)? Se i dati non sono molto scarsi, in genere, come i dati RNA-seq, consigliamo di trasformare i dati, ad esempio la trasformazione logaritmica, e quindi eseguire l'analisi di correlazione, la riduzione e la visualizzazione delle dimensioni (PCA, UMAP, TSNE) e il clustering.
Esistono anche diversi tipi di correlazioni: correlazione di Pearson, correlazione di Spearman, tau di Kendall, ecc. A seconda del tuo interesse di ricerca, puoi scegliere metodi diversi.
Ri: Analisi della correlazione di dati distribuiti non normali dalle analisi di sequenziamentoGrazie @MeichenDong !
Non abbiamo molti zeri, questi non sono dati standard di RNA seq perché sono risolti spazialmente. Non voglio "nascondere" i valori anomali mediante una trasformazione del registro, quindi non ottengo la trasformazione consigliata. La correlazione di Pearson su dati non parametrici sembra rispondere alla nostra domanda in questo particolare contesto.
Grazie per l'aiuto
Ri: Analisi della correlazione di dati distribuiti non normali dalle analisi di sequenziamentoAnch'io sto riscontrando lo stesso problema.
Ri: Analisi della correlazione di dati distribuiti non normali dalle analisi di sequenziamentoCIAO @CrossoverBird55 , c'è qualche problema specifico che potremmo aiutare?
Il modo di trasformare/normalizzare i dati dipende anche dai piani di analisi a valle.
