Analyse der Korrelation nicht normalverteilter Daten aus SequenzierungsanalysenHallo,
Ich habe vielleicht nicht genug gegraben, aber ich finde die Antwort nicht in der Community.
Wir haben NGS-ähnliche Daten und die Expression von Genen, die wir gerne zwischen verschiedenen Probenzonen korrelieren würden. Die Daten sind nicht normalverteilt.
Wir haben verschiedene Eingaben, die besagen, dass wir die Protokolltransformation verwenden sollten, um eine Normalverteilung zu erhalten.
Wir möchten die Korrelation untersuchen. Können wir dies mit nicht normalverteilten Daten tun? Müssen wir uns für die Protokollverteilung entscheiden?
Da die Korrelationen bei beiden Methoden unterschiedlich sind, möchten wir sicherstellen, dass wir es richtig machen, auch wenn wir keine Statistiker sind.
Vielen Dank an alle, die uns in diesem Punkt helfen können.
Einen schönen Tag noch
Marie
Grundlegende Datenanalyse und ModellierungBetreff: Analyse der Korrelation nicht normalverteilter Daten aus SequenzierungsanalysenHallo @mgerusdurand , Danke, für ihre Frage!
Sind Ihre Daten spärlich (viele Nullen)? Wenn die Daten nicht sehr spärlich sind, empfehlen wir im Allgemeinen, wie bei RNA-seq-Daten, die Daten zu transformieren, z. B. eine Log-Transformation, und anschließend eine Korrelationsanalyse, Dimensionsreduzierung und Visualisierung (PCA, UMAP, TSNE) sowie Clustering durchzuführen.
Es gibt auch verschiedene Arten von Korrelationen – Pearson-Korrelation, Spearman-Korrelation, Kendall-Tau usw. Je nachdem, was Ihr Forschungsinteresse ist, können Sie unterschiedliche Methoden wählen.
Betreff: Analyse der Korrelation nicht normalverteilter Daten aus SequenzierungsanalysenDanke @MeichenDong !
Wir haben nicht viele Nullen, das sind keine Standard-RNA-Seq-Daten, weil sie räumlich aufgelöst sind. Ich möchte Ausreißer nicht durch eine Protokolltransformation „verstecken“, daher erhalte ich nicht die empfohlene Transformation. Die Pearson-Korrelation bei nichtparametrischen Daten scheint die Antwort auf unsere Frage in dieser speziellen Situation zu sein.
Vielen Dank für Ihre Hilfe
Betreff: Analyse der Korrelation nicht normalverteilter Daten aus SequenzierungsanalysenIch habe auch das gleiche Problem.
Betreff: Analyse der Korrelation nicht normalverteilter Daten aus SequenzierungsanalysenHallo @CrossoverBird55 Gibt es ein bestimmtes Problem, bei dem wir helfen könnten?
Die Art und Weise, wie Daten transformiert/normalisiert werden, hängt auch von den nachgelagerten Analyseplänen ab.
