Correlación de hormonas con metabolitos (datos ómicos)Hola a todos,
Estoy tratando de encontrar correlaciones entre la expresión de hormonas y metabolitos durante diferentes fases de crecimiento a partir de los datos ómicos de mi empresa. He estructurado mis datos con 4 columnas: Tipo (hormona o metabolito), Nombre (de dicho compuesto), Fase (A, B, C o D) y Promedios de fase normalizada (estos son los datos sin procesar, que son el nivel de expresión). de cada compuesto. He normalizado para cada tipo y promediado por fase). Puedo reestructurar los datos si es necesario.
Estaba pensando en hacer una gráfica donde tenga hormonas en el eje Y y Metabolitos en el eje X, pareciendo una gráfica multivariada con correlaciones/mapa de calor. Quiero hacer uno de estos gráficos para cada una de las fases de crecimiento y luego tal vez uno para las correlaciones generales de todas las fases a la vez.
Intenté hacer esto en Graph Builder y usar Analizar> Multivariado, ninguno de los cuales funcionó. Multivariante no me deja debido a la naturaleza categórica de las primeras tres columnas.
Por favor ayúdenme, ¿qué debo hacer?
Modelado estadístico avanzadoAnálisis y modelado de datos básicosRe: Correlación de hormonas con metabolitos (datos ómicos)Hola,
Es un desafío brindarle comentarios precisos sin tener un ejemplo (los datos simulados son suficientes) del diseño de sus datos. Aun así, lo primero que debes considerar es dividir los datos de Metabolitos y Hormonas en columnas separadas. De hecho, JMP necesita sus datos X e Y en columnas separadas.
En segundo lugar, puede crear un gráfico GraphBuilder con los datos de sus hormonas como X y los datos de metabolitos como Y, y la fase como factor WRAP.
Luego puede utilizar las pantallas Elipse de correlación + Gráfico de puntos para visualizar la relación entre hormonas y metabolitos. Finalmente, en el menú interactivo de la izquierda al lado del área de trazado, puede seleccionar mostrar el cuadrado r y la correlación para cada panel.
Háganos saber si esto funciona.
Lo siento si esta explicación es trivial.
Mejor
TS
Re: Correlación de hormonas con metabolitos (datos ómicos)Hola @Kotton_King ,
Parece que tiene sus datos apilados (valores en una sola columna). Puedes intentar dividir los datos para que cada hormona y metabolito tenga su propia columna de valores. Entonces Multivariante funcionará con estas nuevas columnas. Consulte también las variables de clúster. Le proporcionará un mapa de calor de las correlaciones y las agrupará.
Salud,
