Correlazione degli ormoni ai metaboliti (dati Omics)Ciao a tutti,
Sto cercando di trovare correlazioni tra l'espressione di ormoni e metaboliti durante le diverse fasi di crescita dai dati omici della mia azienda. Ho strutturato i miei dati con 4 colonne: Tipo (ormone o metabolita), Nome (di detto composto), Fase (A,B,C o D) e Medie di fase normalizzate (questi sono i dati grezzi che sono il livello di espressione di ciascun composto. Ho normalizzato per ciascun tipo e mediato per fase). Posso ristrutturare i dati se necessario.
Stavo pensando di realizzare un grafico in cui ho gli ormoni sull'asse Y e i metaboliti sull'asse X, che assomigli a un grafico multivariato con correlazioni/mappa di calore. Voglio creare uno di questi grafici per ciascuna fase della crescita e poi magari uno per le correlazioni complessive di tutte le fasi contemporaneamente.
Ho provato a farlo nel Costruttore di grafici e utilizzando Analizza > Multivariata, nessuno dei quali ha funzionato. Multivariato non me lo consente a causa della natura categorica delle prime tre colonne.
Per favore aiutami, cosa devo fare?
Modellazione statistica avanzataAnalisi e modellazione dei dati di baseRe: Correlazione degli ormoni ai metaboliti (dati Omics)CIAO,
È difficile fornirti un feedback preciso senza avere un esempio (andranno bene i dati fittizi) del layout dei dati. Tuttavia, la prima cosa da considerare è dividere i dati sui metaboliti e sugli ormoni in colonne separate. Infatti, JMP necessita che i tuoi dati X e Y siano in colonne separate.
In secondo luogo, potresti creare un grafico GraphBuilder con i dati sugli ormoni come X e i dati sui metaboliti come Y e la fase come fattore WRAP.
È quindi possibile utilizzare le visualizzazioni Correlation Ellipse + Dot Plot per visualizzare la relazione tra ormoni e metaboliti. Infine, nel menu interattivo a sinistra accanto all'area del grafico, puoi scegliere di visualizzare il quadrato r e la correlazione per ciascun pannello.
Facci sapere se funziona.
Scusate se questa spiegazione è banale
Migliore
TS
Re: Correlazione degli ormoni ai metaboliti (dati Omics)CIAO @Kotton_King ,
Sembra che tu abbia i tuoi dati impilati (valori in una singola colonna). Puoi provare a dividere i dati in modo che ciascun ormone e metabolita abbia la propria colonna di valori. Quindi Multivariato funzionerà con queste nuove colonne. Esamina anche le variabili del cluster. Ti fornirà una mappa termica delle correlazioni e le raggrupperà.
Saluti,
