Korrelation von Hormonen mit Metaboliten (Omics-Daten)Hallo alle,
Ich versuche, anhand der Omics-Daten meines Unternehmens Korrelationen zwischen der Expression von Hormonen und Metaboliten während verschiedener Wachstumsphasen zu finden. Ich habe meine Daten mit 4 Spalten strukturiert: Typ (Hormon oder Metabolit), Name (der besagten Verbindung), Phase (A, B, C oder D) und normalisierte Phasendurchschnitte (das sind die Rohdaten, die das Ausmaß der Expression darstellen). jeder Verbindung. Ich habe für jeden Typ normalisiert und nach Phase gemittelt. Bei Bedarf kann ich die Daten umstrukturieren.
Ich habe darüber nachgedacht, ein Diagramm zu erstellen, in dem ich Hormone auf der Y-Achse und Metaboliten auf der X-Achse habe, das wie ein multivariates Diagramm mit Korrelationen/Heatmap aussieht. Ich möchte für jede Wachstumsphase eines dieser Diagramme erstellen und dann vielleicht eines für die Gesamtkorrelationen aller Phasen gleichzeitig.
Ich habe versucht, dies im Graph Builder zu machen und Analysieren > Multivariat zu verwenden, aber keines davon hat funktioniert. Multivariate lässt mich aufgrund der kategorischen Natur der ersten drei Spalten nicht zu.
Bitte helfen Sie mir, was soll ich tun?
Erweiterte statistische ModellierungGrundlegende Datenanalyse und ModellierungBetreff: Korrelation von Hormonen mit Metaboliten (Omics-Daten)Hallo,
Es ist eine Herausforderung, Ihnen präzises Feedback zu geben, ohne ein Beispiel (Scheindaten genügen) für Ihr Datenlayout zu haben. Dennoch sollten Sie als Erstes darüber nachdenken, Ihre Metaboliten- und Hormondaten in separate Spalten aufzuteilen. Tatsächlich benötigt JMP Ihre X- und Y-Daten in separaten Spalten.
Zweitens könnten Sie ein GraphBuilder-Diagramm mit Ihren Hormondaten als X und Metabolitendaten als Y und der Phase als WRAP-Faktor erstellen.
Anschließend können Sie die Korrelations-Ellipse + Punktdiagramm-Anzeigen verwenden, um die Beziehung zwischen Hormonen und Metaboliten zu visualisieren. Schließlich können Sie im linken interaktiven Menü neben dem Plotbereich auswählen, dass das r-Quadrat und die Korrelation für jedes Panel angezeigt werden sollen.
Lassen Sie uns wissen, ob das funktioniert.
Tut mir leid, wenn diese Erklärung trivial ist
Am besten
TS
Betreff: Korrelation von Hormonen mit Metaboliten (Omics-Daten)Hallo @Kotton_King ,
Es hört sich so an, als hätten Sie Ihre Daten gestapelt (Werte in einer einzelnen Spalte). Sie können versuchen, die Daten so aufzuteilen, dass jedes Hormon und jeder Metabolit eine eigene Wertespalte hat. Dann funktioniert Multivariate mit diesen neuen Spalten. Schauen Sie sich auch Clustervariablen an. Sie erhalten eine Heatmap der Korrelationen und können diese auch gruppieren.
Prost,
