Corrélation des hormones aux métabolites (données Omics)Bonjour à tous,
J'essaie de trouver des corrélations entre l'expression des hormones et des métabolites au cours des différentes phases de croissance à partir des données omiques de mon entreprise. J'ai structuré mes données avec 4 colonnes : Type (hormone ou métabolite), Nom (dit composé), Phase (A,B,C ou D) et Moyennes de Phase Normalisées (ce sont les données brutes qui sont le niveau d'expression de chaque composé. J'ai normalisé pour chaque type et fait la moyenne par phase). Je peux restructurer les données si nécessaire.
Je pensais faire un graphique où j'ai des hormones sur l'axe Y et des métabolites sur l'axe X, ressemblant à un graphique multivarié avec corrélations/carte thermique. Je souhaite créer un de ces graphiques pour chacune des phases de croissance, puis peut-être un pour les corrélations globales de toutes les phases à la fois.
J'ai essayé de créer cela dans Graph Builder et d'utiliser Analyser > Multivarié, mais aucun des deux n'a fonctionné. Le multivarié ne me le permet pas en raison de la nature catégorique des trois premières colonnes.
S'il vous plaît, aidez-moi, que dois-je faire ?
Modélisation statistique avancéeAnalyse et modélisation des données de baseRe : Corrélation des hormones aux métabolites (données Omics)Salut,
Il est difficile de vous donner un retour précis sans avoir un exemple (des données simulées feront l'affaire) de la disposition de vos données. Néanmoins, la première chose à considérer est de diviser vos données sur les métabolites et les hormones en colonnes distinctes. En effet, JMP a besoin de vos données X et Y dans des colonnes distinctes.
Deuxièmement, vous pouvez créer un tracé GraphBuilder avec vos données hormonales sous forme de X et vos données de métabolites sous forme de Y, et la phase sous forme de facteur WRAP.
Vous pouvez ensuite utiliser les écrans Correlation Ellipse + Dot Plot pour visualiser la relation entre les hormones et les métabolites. Enfin, dans le menu interactif de gauche à côté de la zone de tracé, vous pouvez choisir d'afficher le carré r et la corrélation pour chaque panneau.
Dites nous si cela fonctionne.
Désolé si cette explication est triviale
Meilleur
TS
Re : Corrélation des hormones aux métabolites (données Omics)Salut @Kotton_King ,
Il semble que vos données soient empilées (valeurs dans une seule colonne). Vous pouvez essayer de diviser les données afin que chaque hormone et métabolite ait sa propre colonne de valeurs. Ensuite, Multivariate fonctionnera avec ces nouvelles colonnes. Examinez également les variables de cluster. Il vous donnera une carte thermique des corrélations et les regroupera.
Acclamations,
