在《細胞生物學雜誌》最近發表的一篇文章「 SuperPlots：傳達細胞生物學的再現性和變異性」中，作者提出了創建資料視覺化(SuperPlots) 的建議，重點是同時呈現觀察水平的變異性和實驗再現性。作者示範如何使用幾個不同的軟體包建立 SuperPlot。在這篇文章中，我介紹了使用 JMP 重現 SuperPlot 所需的步驟。
該文章包含由兩個處理和每個處理內的三個重複組成的樣本資料。每個重複測量 50 次。所需的圖表顯示原始資料以及每個處理的 50 筆記錄的資料摘要。對於每種處理，平均值和平均值的標準誤差是用 n = 3 計算的，而不是完整數據的，然後添加到圖表中。 JMP 的第一步是建立總計列並將其新增至我們的資料表中。若要在 JMP 中執行此操作，請同時選擇「複製」和「處理」列。然後右鍵點選並選擇新公式列 > 分組依據。此步驟後數據沒有變化。接下來選擇“速度”列，然後右鍵單擊並選擇“新公式列”>“聚合”>“平均值”，以將新列新增至包含平均值的資料表中。雖然此列包含所需的匯總數據，但每個值都重複 50 次，因此我們尚未減少 N。為了減少 N，我們希望刪除重複記錄。執行此操作的一種方法是將資料複製到另一列，然後選擇「複製」、「處理」和「平均值列的複製」。按一下「行」>「行選擇」>「選擇重複行」以選擇 294 行。現在點擊平均值列並按刪除以清除重複記錄。
現在我們準備好建立情節：
按一下圖形 > 圖形產生器。
將 Speed 和 Mean 列拖至 Y。
將治療拖至 X。
將複製拖曳至疊加。
右鍵單擊圖表並選擇新增 > 點。
右鍵點選圖表並選擇新增 > 長條圖。
完成這些步驟後，繪圖將如下所示：
我們擁有所需的所有組件，但現在必須清理繪圖。在左側第一個點選單下，按一下變數旁的灰色三角形，然後取消選取平均值。
在第二個「點」選單下，按一下變數旁的灰色三角形，然後取消選取「速度」。
將抖動限制拖曳到最左側。
在「欄」功能表下，按一下變數旁的灰色三角形，然後取消選取「速度」和「複製」。
將條形樣式變更為浮動。
將錯誤間隔變更為標準錯誤。
看看劇情，現在我們可以看到我們已經越來越接近了。
接下來，右鍵單擊繪圖並選擇圖形 > 標記大小 > XXL。
現在雙擊圖例。圖例設定視窗將會開啟。
右鍵單擊每個圖例項目並設定所需的特性。對於原始數據，第一組 1、2 和 3 分別將標記變更為圓形、菱形和方形。將這三個的透明度改為 0.1。
將平均值的線條顏色改為黑色。
更改平均值的標記（第二組 1、2 和 3）以符合上面的標記。
將標準錯誤的線條顏色變更為黑色。
最後，取消選取均值。勾選透明度為1的1、2、3，取消勾選透明度為0.1的，此圖例會更清晰。
在圖例設定視窗中按一下「確定」。
點擊繪圖上的“完成”。
遵循這些步驟後，我們得到了最終的圖：
本文的圖中也加入了一個附加元件，即 p 值。雖然 JMP 確實可以選擇計算 p 值，但必須手動將其新增至圖表。有一個畫線工具和註解工具可用於新增 p 值。
論文中描述的 p 值計算是匹配對 t 檢驗，在複製上匹配。 JMP 可以執行此測試，但使用目前格式的資料並不容易。為了驗證 p 值，我們建立一個總計表。按一下表 > 摘要。選擇速度，然後點擊統計下拉式選單並選擇平均值。然後將複製新增至群組並將處理新增至子群組。按一下“確定”。
從總計表中，按一下分析 > 專業建模 > 配對對。
將平均值（速度、控制）和平均值（速度、藥物）拖曳到 Y，配對反應部分。
按一下“確定”。
從輸出我們可以找到 p 值。
將其添加到圖中後，我們得到了最終的圖：
在 JMP 中傳達此訊息的另一種方法（可能更容易產生）是使用變異性圖表平台。 像這樣 ：
Variability Chart(
Y( :Speed ),
X( :Treatment, :Replicate ),
Analysis Type( "Choose best analysis (EMS REML Bayesian)" ),
Show Range Bars( 0 ),
Show Cell Means( 1 ),
Connect Cell Means( 1 ),
Std Dev Chart( 0 ),
Points Jittered( 1 ),
Show Box Plots( 1 )
);
誠然，這不支持調整透明度以讓手段脫穎而出並使各個數據點淡入背景
