在《細胞生物學雜誌》最近的一篇文章中，“ SuperPlots：傳達細胞生物學的再現性和變異性， “作者提出了創建數據可視化（SuperPlots）的建議，重點是同時呈現觀察水平的變異性和實驗的可重複性。作者演示瞭如何使用幾個不同的軟件包創建 SuperPlot。在這篇博文中，我介紹了使用 JMP 重現 SuperPlot 所需的步驟。
該文章包含由兩個處理和每個處理內的三個重複組成的樣本數據。 每個重複測量 50 次。 所需的圖表顯示原始數據以及每個處理的 50 條記錄的數據摘要。 對於每種處理，平均值和平均值的標準誤差是用 n = 3 計算的，而不是完整數據的，然後添加到圖中。 JMP 的第一步是創建匯總列並將其添加到我們的數據表中。 要在 JMP 中執行此操作，請同時選擇“複製”和“處理”列。 然後右鍵單擊並選擇新建公式列 > 分組依據。 此步驟後數據沒有任何變化。 接下來選擇“速度”列，然後右鍵單擊並選擇“新建公式列”>“聚合”>“平均值”，以將新列添加到包含平均值的數據表中。 雖然此列包含所需的匯總數據，但每個值都重複 50 次，因此我們尚未減少 N。 為了減少 N，我們要刪除重複的記錄。 執行此操作的一種方法是將數據複製到另一列，然後選擇“複製”、“處理”和“平均值列的複制”。 單擊“行”>“行選擇”>“選擇重複行”以選擇 294 行。 現在單擊平均值列並按刪除以清除重複記錄。
現在我們準備好構建情節：
單擊圖形 > 圖形生成器。
將 Speed 和 Mean 列拖至 Y。
將治療拖至 X。
將復制拖至疊加。
右鍵單擊圖表並選擇添加 > 點。
右鍵單擊圖表並選擇添加 > 條形圖。
完成這些步驟後，繪圖將如下所示：
我們擁有所需的所有組件，但現在必須清理繪圖。 在左側第一個點菜單下，單擊變量旁邊的灰色三角形，然後取消選中平均值。
在第二個“點”菜單下，單擊變量旁邊的灰色三角形，然後取消選中“速度”。
將抖動限制拖動到最左側。
在“欄”菜單下，單擊變量旁邊的灰色三角形，然後取消選中“速度”和“複製”。
將條形樣式更改為浮動。
將錯誤間隔更改為標準錯誤。
看看劇情，現在我們可以看到我們已經越來越接近了。
接下來，右鍵單擊繪圖並選擇圖形 > 標記大小 > XXL。
現在雙擊圖例。 圖例設置窗口將打開。
右鍵單擊每個圖例項並設置所需的特性。 對於原始數據，第一組 1、2 和 3 分別將標記更改為圓形、菱形和方形。 將這三個的透明度更改為 0.1。
將平均值的線條顏色更改為黑色。
更改平均值的標記（第二組 1、2 和 3）以匹配上面的標記。
將標準錯誤的線條顏色更改為黑色。
最後，取消選中均值。 勾選透明度為1的1、2、3，取消勾選透明度為0.1的，這樣圖例會更清晰。
在圖例設置窗口中單擊“確定”。
單擊繪圖上的“完成”。
遵循這些步驟後，我們得到了最終的圖：
本文的圖中還添加了一個附加組件，即 p 值。 雖然 JMP 確實可以選擇計算 p 值，但必須手動將其添加到圖中。 有一個畫線工具和註釋工具可用於添加 p 值。
論文中描述的 p 值計算是匹配對 t 檢驗，在復制上匹配。 JMP 可以執行此測試，但使用當前格式的數據並不容易。 為了驗證 p 值，我們創建一個匯總表。 單擊表 > 摘要。 選擇速度，然後單擊統計下拉菜單並選擇平均值。 然後將復制添加到組並將處理添加到子組。 單擊“確定”。
從匯總表中，單擊分析 > 專業建模 > 匹配對。
將平均值（速度、控制）和平均值（速度、藥物）拖動到 Y，配對響應部分。
單擊“確定”。
從輸出中我們可以找到 p 值。
將其添加到圖中後，我們得到了最終的圖：
