Journal of Cell Biology の最近の記事「 SuperPlots: Communicating reproducibility and variability in cell biology」では、著者らは観察レベルの変動性と実験の再現性を同時に提示することに重点を置いて、データ視覚化 (SuperPlots) を作成するための推奨事項を示しています。著者は、いくつかの異なるソフトウェア パッケージを使用して SuperPlot を作成する方法を示します。このブログ投稿では、JMP を使用して SuperPlot を再現するために必要な手順を説明します。
この記事には、2 つの処理と各処理内の 3 つの反復で構成されるサンプル データが含まれています。各反復は 50 回測定されます。目的のグラフには、生データと、各治療の 50 レコードにわたるデータの概要の両方が表示されます。各処理について、平均値と平均値の標準誤差は、完全なデータではなく n = 3 で計算され、プロットに追加されます。 JMP の最初のステップは、概要列を作成し、それをデータテーブルに追加することです。 JMP でこれを行うには、[複製] 列と [処理] 列を同時に選択します。次に、右クリックして、[新しい数式列] > [グループ化] を選択します。このステップの後、データに変更はありません。次に、[速度] 列を選択し、右クリックして [新しい数式列] > [集計] > [平均] を選択し、平均値を含む新しい列をデータ テーブルに追加します。この列には必要な要約データが含まれていますが、値はそれぞれ 50 回繰り返されるため、まだ N を減らしていません。N を減らすには、重複レコードを削除する必要があります。これを行う 1 つの方法は、データを別の列にコピーし、[複製]、[処理]、および [平均] 列のコピーを選択することです。 「行」>「行の選択」>「重複行の選択」をクリックして、294 行を選択します。ここで、「平均」列をクリックし、「削除」を押して重複レコードをクリアします。
これで、プロットを構築する準備が整いました。
「グラフ」>「グラフビルダー」をクリックします。
Speed 列と Mean 列の両方を Y にドラッグします。
治療を X にドラッグします。
「複製」を「オーバーレイ」にドラッグします。
グラフ内で右クリックし、「追加」>「ポイント」を選択します。
グラフ内で右クリックし、「追加」>「バー」を選択します。
これらの手順が完了すると、プロットは次のようになります。
必要なコンポーネントはすべて揃っていますが、プロットをクリーンアップする必要があります。最初の [ポイント] メニューの下の左側で、変数の横にある灰色の三角形をクリックし、[平均] のチェックを外します。
2 番目の [ポイント] メニューで、変数の横にある灰色の三角形をクリックし、[速度] のチェックを外します。
「ジッター制限」を左端にドラッグします。
「バー」メニューで、変数の横にある灰色の三角形をクリックし、「速度」と「複製」のチェックを外します。
バーのスタイルをフロートに変更します。
エラー間隔を標準誤差に変更します。
プロットを見ると、近づいていることがわかります。
次に、プロット内で右クリックし、「グラフ」>「マーカー サイズ」>「XXL」を選択します。
次に、凡例をダブルクリックします。凡例設定ウィンドウが開きます。
各凡例項目を右クリックし、必要な特性を設定します。生データの場合、最初のセット 1、2、および 3 により、マーカーがそれぞれ円、ひし形、正方形に変更されました。これら 3 つの透明度を .1 に変更します。
平均値の線の色を黒に変更します。
平均値のマーカー (1、2、および 3 の 2 番目のセット) を、上のマーカーと一致するように変更します。
標準エラーの線の色を黒に変更します。
最後に、平均のチェックを外します。透明度 1 の 1、2、3 にチェックを入れ、透明度 0.1 のチェックを外すと、凡例がより明確になります。
凡例設定ウィンドウで「OK」をクリックします。
プロット上で「完了」をクリックします。
これらの手順を実行すると、次の最終プロットが得られます。
この記事のプロットには、p 値というコンポーネントが 1 つ追加されています。 JMP には p 値を計算するオプションがありますが、手動でプロットに追加する必要があります。 p 値を追加するために使用できる線描画ツールと注釈ツールがあります。
論文で説明されている p 値の計算は、反復で照合された一致ペアの t 検定です。 JMP はこのテストを実行できますが、現在の形式のデータでは簡単ではありません。 p 値を確認するために、集計表を作成します。 [テーブル] > [概要] をクリックします。 [速度] を選択し、[統計] ドロップダウン メニューをクリックして [平均] を選択します。次に、グループにレプリケートを追加し、サブグループに処理を追加します。 「OK」をクリックします。
サマリーテーブルから、「分析」>「特殊なモデリング」>「一致ペア」をクリックします。
「平均 (速度、コントロール)」と「平均 (速度、薬物) の両方」を「Y、ペア応答」セクションにドラッグします。
「OK」をクリックします。
出力から p 値を見つけることができます。
これをプロットに追加すると、次の最終プロットが得られます。
JMP でこの情報を伝達するもう 1 つの方法は、おそらくもう少し簡単に生成できる、Variability Chart プラットフォームを使用することです。 このような ：
Variability Chart(
Y( :Speed ),
X( :Treatment, :Replicate ),
Analysis Type( "Choose best analysis (EMS REML Bayesian)" ),
Show Range Bars( 0 ),
Show Cell Means( 1 ),
Connect Cell Means( 1 ),
Std Dev Chart( 0 ),
Points Jittered( 1 ),
Show Box Plots( 1 )
);
確かに、これは、平均値を目立たせて個々のデータ ポイントを背景にフェードインさせるための透明度の調整をサポートしていません。
