在《细胞生物学杂志》最近的一篇文章中，“ SuperPlots：传达细胞生物学的再现性和变异性， “作者提出了创建数据可视化（SuperPlots）的建议，重点是同时呈现观察水平的变异性和实验的可重复性。作者演示了如何使用几个不同的软件包创建 SuperPlot。在这篇博文中，我介绍了使用 JMP 重现 SuperPlot 所需的步骤。
该文章包含由两个处理和每个处理内的三个重复组成的样本数据。 每个重复测量 50 次。 所需的图表显示原始数据以及每个处理的 50 条记录的数据摘要。 对于每种处理，平均值和平均值的标准误差是用 n = 3 计算的，而不是完整数据的，然后添加到图中。 JMP 的第一步是创建汇总列并将其添加到我们的数据表中。 要在 JMP 中执行此操作，请同时选择“复制”和“处理”列。 然后右键单击并选择新建公式列 > 分组依据。 此步骤后数据没有任何变化。 接下来选择“速度”列，然后右键单击并选择“新建公式列”>“聚合”>“平均值”，以将新列添加到包含平均值的数据表中。 虽然此列包含所需的汇总数据，但每个值都重复 50 次，因此我们尚未减少 N。 为了减少 N，我们要删除重复的记录。 执行此操作的一种方法是将数据复制到另一列，然后选择“复制”、“处理”和“平均值列的复制”。 单击“行”>“行选择”>“选择重复行”以选择 294 行。 现在单击平均值列并按删除以清除重复记录。
现在我们准备好构建情节：
单击图形 > 图形生成器。
将 Speed 和 Mean 列拖至 Y。
将治疗拖至 X。
将复制拖至叠加。
右键单击图表并选择添加 > 点。
右键单击图表并选择添加 > 条形图。
完成这些步骤后，绘图将如下所示：
我们拥有所需的所有组件，但现在必须清理绘图。 在左侧第一个点菜单下，单击变量旁边的灰色三角形，然后取消选中平均值。
在第二个“点”菜单下，单击变量旁边的灰色三角形，然后取消选中“速度”。
将抖动限制拖动到最左侧。
在“栏”菜单下，单击变量旁边的灰色三角形，然后取消选中“速度”和“复制”。
将条形样式更改为浮动。
将错误间隔更改为标准错误。
看看剧情，现在我们可以看到我们已经越来越接近了。
接下来，右键单击绘图并选择图形 > 标记大小 > XXL。
现在双击图例。 图例设置窗口将打开。
右键单击每个图例项并设置所需的特性。 对于原始数据，第一组 1、2 和 3 分别将标记更改为圆形、菱形和方形。 将这三个的透明度更改为 0.1。
将平均值的线条颜色更改为黑色。
更改平均值的标记（第二组 1、2 和 3）以匹配上面的标记。
将标准错误的线条颜色更改为黑色。
最后，取消选中均值。 勾选透明度为1的1、2、3，取消勾选透明度为0.1的，这样图例会更清晰。
在图例设置窗口中单击“确定”。
单击绘图上的“完成”。
遵循这些步骤后，我们得到了最终的图：
本文的图中还添加了一个附加组件，即 p 值。 虽然 JMP 确实可以选择计算 p 值，但必须手动将其添加到图中。 有一个画线工具和注释工具可用于添加 p 值。
论文中描述的 p 值计算是匹配对 t 检验，在复制上匹配。 JMP 可以执行此测试，但使用当前格式的数据并不容易。 为了验证 p 值，我们创建一个汇总表。 单击表 > 摘要。 选择速度，然后单击统计下拉菜单并选择平均值。 然后将复制添加到组并将处理添加到子组。 单击“确定”。
从汇总表中，单击分析 > 专业建模 > 匹配对。
将平均值（速度、控制）和平均值（速度、药物）拖动到 Y，配对响应部分。
单击“确定”。
从输出中我们可以找到 p 值。
将其添加到图中后，我们得到了最终的图：
