Dans un article récent du Journal of Cell Biology, " SuperPlots : Communiquer la reproductibilité et la variabilité en biologie cellulaire, " Les auteurs présentent des recommandations pour créer une visualisation de données (SuperPlots) en mettant l'accent sur la présentation simultanée de la variabilité au niveau de l'observation et de la reproductibilité expérimentale.Les auteurs montrent comment créer le SuperPlot avec plusieurs progiciels différents.Dans cet article de blog, je présente les étapes nécessaires pour reproduire le SuperPlot à l'aide de JMP.
L'article contient des exemples de données comprenant deux traitements et trois répétitions au sein de chaque traitement. Chaque répétition est mesurée 50 fois. Le graphique souhaité affiche à la fois les données brutes, ainsi qu'un résumé des données des 50 enregistrements de chaque traitement. Pour chaque traitement, la moyenne et l'erreur standard de la moyenne sont calculées avec un n = 3, et non des données complètes, puis ajoutées au graphique. La première étape dans JMP consiste à créer une colonne récapitulative et à l'ajouter à notre tableau de données. Pour ce faire dans JMP, sélectionnez simultanément les colonnes Réplication et Traitement. Cliquez ensuite avec le bouton droit et choisissez Nouvelle colonne de formule > Regrouper par. Aucune modification n’est apportée aux données après cette étape. Sélectionnez ensuite la colonne Vitesse, puis cliquez avec le bouton droit et choisissez Nouvelle colonne de formule > Agrégat > Moyenne pour ajouter une nouvelle colonne au tableau de données avec les moyennes. Bien que cette colonne contienne les données résumées souhaitées, les valeurs sont chacune répétées 50 fois, nous n'avons donc pas encore réduit notre N. Pour réduire le N, nous souhaitons supprimer les enregistrements en double. Une façon de procéder consiste à copier les données dans une autre colonne, puis à sélectionner Répliquer, Traitement et Copie de la colonne Moyenne. Cliquez sur Lignes > Sélection de lignes > Sélectionner les lignes en double pour sélectionner 294 lignes. Cliquez maintenant sur la colonne Moyenne et appuyez sur Supprimer pour effacer les enregistrements en double.
Nous sommes maintenant prêts à construire l'intrigue :
Cliquez sur Graphique > Générateur de graphiques.
Faites glisser la colonne Vitesse et Moyenne vers Y.
Faites glisser Traitement vers X.
Faites glisser Répliquer vers Superposition.
Cliquez avec le bouton droit sur le graphique et choisissez Ajouter > Points.
Cliquez avec le bouton droit sur le graphique et choisissez Ajouter > Barres.
Une fois ces étapes terminées, le tracé ressemblera à ceci :
Nous avons tous les éléments dont nous avons besoin, mais il faut maintenant nettoyer l’intrigue. Sur le côté gauche, sous le premier menu Points, cliquez sur le triangle gris à côté des variables et décochez Moyenne.
Dans le deuxième menu Points, cliquez sur le triangle gris à côté des variables et décochez Vitesse.
Faites glisser la limite de gigue vers l'extrême gauche.
Dans le menu Barre, cliquez sur le triangle gris à côté des variables et décochez Vitesse et Réplication.
Changez le style de barre en Flottant.
Modifiez l'intervalle d'erreur en erreur standard.
En regardant l’intrigue, nous pouvons maintenant voir que nous nous rapprochons.
Ensuite, cliquez avec le bouton droit sur le tracé et choisissez Graphique > Taille du marqueur > XXL.
Maintenant, double-cliquez sur la légende. La fenêtre de configuration de la légende s'ouvrira.
Faites un clic droit sur chaque élément de légende et définissez les caractéristiques souhaitées. Pour les données brutes, le premier ensemble de 1, 2 et 3 a modifié les marqueurs en cercle, losange et carré, respectivement. Changez la transparence en 0,1 pour ces trois-là.
Changez la couleur de la ligne moyenne en noir.
Changez les marqueurs des moyennes (le deuxième ensemble de 1, 2 et 3) pour qu'ils correspondent aux marqueurs d'en haut.
Changez la couleur de la ligne pour l’erreur standard en noir.
Enfin, décochez la case moyenne. Cochez les 1, 2, 3 qui ont une transparence de 1, tout en décochant ceux qui ont une transparence de .1 pour que la légende soit plus claire.
Cliquez sur OK dans la fenêtre de configuration de la légende.
Cliquez sur Terminé sur le tracé.
Après avoir suivi ces étapes, nous obtenons ce tracé final :
Il y a un composant supplémentaire ajouté au tracé dans l'article, qui est une valeur p. Bien que JMP ait la possibilité de calculer la valeur p, elle devra être ajoutée manuellement au tracé. Il existe un outil de dessin de ligne et un outil d'annotation qui peuvent être utilisés pour ajouter la valeur p.
Le calcul de la valeur p tel que décrit dans l'article est un test t de paires appariées, apparié lors de la réplication. JMP peut effectuer ce test, mais pas facilement avec les données dans le format actuel. Pour vérifier la valeur p, nous créons un tableau récapitulatif. Cliquez sur Tableaux > Résumé. Choisissez Vitesse, puis cliquez sur le menu déroulant Statistiques et choisissez Moyenne. Ajoutez ensuite la réplication au groupe et le traitement au sous-groupe. Cliquez sur OK.
Dans le tableau récapitulatif, cliquez sur Analyser > Modélisation spécialisée > Paires appariées.
Faites glisser la moyenne (vitesse, contrôle) et la moyenne (vitesse, médicament) vers la section Y, réponses appariées.
Cliquez sur OK.
À partir de la sortie, nous pouvons trouver la valeur p.
Après avoir ajouté cela à l’intrigue, nous obtenons cette intrigue finale :
