Journal of Cell Biology의 최근 기사에서는 " SuperPlots: 세포 생물학의 재현성과 가변성을 전달합니다. " 저자는 관찰 수준 변동성과 실험 재현성을 동시에 제시하는 데 중점을 두고 데이터 시각화(SuperPlots)를 만들기 위한 권장 사항을 제시합니다.저자는 여러 가지 소프트웨어 패키지를 사용하여 SuperPlot을 만드는 방법을 보여줍니다.이 블로그 게시물에서는 JMP를 사용하여 SuperPlot을 재현하는 데 필요한 단계를 소개합니다.
기사에는 두 가지 치료법과 각 치료법 내 세 번의 반복 실험으로 구성된 샘플 데이터가 포함되어 있습니다. 각 반복실험은 50회 측정됩니다. 원하는 그래프에는 원시 데이터와 각 치료의 50개 기록에 대한 데이터 요약이 모두 표시됩니다. 각 처리에 대해 전체 데이터가 아닌 n=3으로 평균과 평균의 표준오차를 계산한 후 플롯에 추가합니다. JMP의 첫 번째 단계는 요약 열을 만들고 이를 데이터 테이블에 추가하는 것입니다. JMP에서 이를 수행하려면 복제 및 처리 열을 동시에 선택하십시오. 그런 다음 마우스 오른쪽 버튼을 클릭하고 새 수식 열 > 그룹화 기준을 선택합니다. 이 단계 이후에는 데이터가 변경되지 않습니다. 그런 다음 속도 열을 선택한 다음 마우스 오른쪽 버튼을 클릭하고 새 수식 열 > 집계 > 평균을 선택하여 평균이 포함된 데이터 테이블에 새 열을 추가합니다. 이 열에는 원하는 요약 데이터가 포함되어 있지만 값은 각각 50번 반복되므로 아직 N을 줄이지 않았습니다. N을 줄이기 위해 중복 레코드를 제거하려고 합니다. 이를 수행하는 한 가지 방법은 데이터를 다른 열에 복사한 다음 복제, 처리 및 평균 열의 복사를 선택하는 것입니다. 행 > 행 선택 > 중복 행 선택을 클릭하여 294개의 행을 선택합니다. 이제 평균 열을 클릭하고 삭제를 눌러 중복 기록을 삭제하세요.
이제 플롯을 구성할 준비가 되었습니다.
그래프 > 그래프 빌더를 클릭합니다.
Speed와 Mean 열을 모두 Y로 드래그합니다.
치료를 X로 드래그합니다.
복제를 오버레이로 드래그하세요.
그래프를 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 추가 > 점을 선택합니다.
그래프를 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 추가 > 막대를 선택합니다.
해당 단계가 완료되면 플롯은 다음과 같습니다.
필요한 모든 구성 요소가 있지만 이제 플롯을 정리해야 합니다. 첫 번째 포인트 메뉴 아래 왼쪽에서 변수 옆에 있는 회색 삼각형을 클릭하고 평균을 선택 취소합니다.
두 번째 포인트 메뉴에서 변수 옆에 있는 회색 삼각형을 클릭하고 속도를 선택 취소합니다.
Jitter Limit를 맨 왼쪽으로 드래그합니다.
막대 메뉴에서 변수 옆에 있는 회색 삼각형을 클릭하고 속도 및 복제를 선택 취소합니다.
막대 스타일을 부동으로 변경합니다.
오류 간격을 표준 오류로 변경합니다.
줄거리를 보면 이제 우리가 점점 가까워지고 있음을 알 수 있습니다.
그런 다음 플롯을 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 그래프 > 마커 크기 > XXL을 선택합니다.
이제 범례를 두 번 클릭하십시오. 범례 설정 창이 열립니다.
각 범례 항목을 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 원하는 특성을 설정합니다. 원시 데이터의 경우 1, 2, 3의 첫 번째 세트는 마커를 각각 원형, 다이아몬드형, 사각형으로 변경했습니다. 이 세 가지의 투명도를 .1로 변경합니다.
평균의 선 색상을 검정색으로 변경합니다.
위의 마커와 일치하도록 평균(1, 2, 3의 두 번째 세트)에 대한 마커를 변경합니다.
표준 오류의 선 색상을 검정색으로 변경합니다.
마지막으로 의미를 선택 취소하십시오. 투명도가 1인 1, 2, 3을 선택하고, 범례가 더 명확해지도록 투명도가 .1인 것은 선택을 취소합니다.
범례 설정 창에서 확인을 클릭하세요.
플롯에서 완료를 클릭합니다.
해당 단계를 수행하면 다음과 같은 최종 플롯을 얻을 수 있습니다.
기사의 플롯에 p-값이라는 하나의 추가 구성요소가 추가되었습니다. JMP에는 p-값을 계산할 수 있는 옵션이 있지만 이를 도표에 수동으로 추가해야 합니다. p-값을 추가하는 데 사용할 수 있는 선 그리기 도구와 주석 도구가 있습니다.
논문에 설명된 p-값 계산은 복제에서 일치하는 일치 쌍 t-검정입니다. JMP는 이 테스트를 수행할 수 있지만 현재 형식의 데이터로는 쉽지 않습니다. p-값을 확인하기 위해 요약 테이블을 만듭니다. 테이블 > 요약을 클릭합니다. 속도를 선택한 다음 통계 드롭다운 메뉴를 클릭하고 평균을 선택합니다. 그런 다음 그룹에 복제를 추가하고 하위 그룹에 처리를 추가합니다. 확인을 클릭하세요.
요약표에서 분석 > 전문 모델링 > 일치 쌍을 클릭합니다.
평균(속도, 제어)과 평균(속도, 약품)을 모두 Y, 대응 반응 섹션으로 끌어 놓습니다.
확인을 클릭하세요.
출력에서 p-값을 찾을 수 있습니다.
이를 플롯에 추가하면 다음과 같은 최종 플롯을 얻을 수 있습니다.
