En un artículo reciente en el Journal of Cell Biology, " SuperPlots: Comunicando reproducibilidad y variabilidad en biología celular, "Los autores presentan recomendaciones para crear una visualización de datos (SuperPlots) con énfasis en presentar la variabilidad a nivel de observación y la reproducibilidad experimental simultáneamente.Los autores demuestran cómo crear SuperPlot con varios paquetes de software diferentes.En esta publicación de blog, presento los pasos necesarios para reproducir SuperPlot usando JMP.
El artículo contiene datos de muestra que constan de dos tratamientos y tres réplicas dentro de cada tratamiento. Cada réplica se mide 50 veces. El gráfico deseado muestra tanto los datos sin procesar como un resumen de los datos en los 50 registros de cada tratamiento. Para cada tratamiento, la media y el error estándar de la media se calculan con un n = 3, no de los datos completos, y luego se agregan al gráfico. El primer paso en JMP es crear una columna de resumen y agregarla a nuestra tabla de datos. Para hacer esto en JMP, seleccione las columnas Replicar y Tratamiento simultáneamente. Luego haga clic derecho y elija Nueva columna de fórmula> Agrupar por. No hay ningún cambio en los datos después de este paso. Luego seleccione la columna Velocidad, luego haga clic derecho y elija Nueva columna de fórmula > Agregado > Media para agregar una nueva columna a la tabla de datos con medias. Si bien esta columna contiene los datos resumidos deseados, cada uno de los valores se repite 50 veces, por lo que aún no hemos reducido nuestra N. Para reducir N, queremos eliminar registros duplicados. Una forma de hacerlo es copiar los datos en otra columna y luego seleccionar Replicar, Tratamiento y Copiar la columna Media. Haga clic en Filas > Selección de filas > Seleccionar filas duplicadas para seleccionar 294 filas. Ahora haga clic en la columna Media y presione Eliminar para borrar los registros duplicados.
Ahora estamos listos para construir la trama:
Haga clic en Gráfico > Generador de gráficos.
Arrastre la columna Velocidad y Media a Y.
Arrastre el tratamiento a X.
Arrastre Replicar a Superponer.
Haga clic derecho en el gráfico y elija Agregar > Puntos.
Haga clic derecho en el gráfico y elija Agregar > Barras.
Una vez que se hayan completado esos pasos, el gráfico se verá así:
Tenemos todos los componentes que necesitamos, pero ahora debemos limpiar la trama. En el lado izquierdo, debajo del primer menú Puntos, haga clic en el triángulo gris junto a las variables y desmarque Media.
En el segundo menú Puntos, haga clic en el triángulo gris junto a las variables y desmarque Velocidad.
Arrastre el límite de fluctuación hacia el extremo izquierdo.
En el menú Barra, haga clic en el triángulo gris junto a las variables y desmarque Velocidad y Replicar.
Cambie el estilo de la barra a flotante.
Cambie el intervalo de error a error estándar.
Mirando la trama, ahora podemos ver que nos estamos acercando.
A continuación, haga clic derecho en el gráfico y elija Gráfico > Tamaño del marcador > XXL.
Ahora haga doble clic en la leyenda. Se abrirá la ventana Configuración de leyenda.
Haga clic derecho en cada elemento de la leyenda y establezca las características deseadas. Para los datos sin procesar, el primer conjunto de 1, 2 y 3 cambió los marcadores a círculo, diamante y cuadrado, respectivamente. Cambie la transparencia a .1 para estos tres.
Cambie el color de la línea de medio a negro.
Cambie los marcadores de los medios (el segundo conjunto de 1, 2 y 3) para que coincidan con los marcadores de arriba.
Cambie el color de la línea de error estándar a negro.
Finalmente, desmarque la media. Marca los 1, 2, 3 que tienen transparencia de 1, mientras desmarcas los que tienen transparencia .1 para que la leyenda quede más clara.
Haga clic en Aceptar en la ventana de configuración de la leyenda.
Haga clic en Listo en el gráfico.
Después de seguir esos pasos, obtenemos esta trama final:
Hay un componente adicional agregado a la trama del artículo, que es un valor p. Si bien JMP tiene la opción de calcular el valor p, deberá agregarse manualmente al gráfico. Hay una herramienta de dibujo lineal y una herramienta de anotación que se pueden utilizar para agregar el valor p.
El cálculo del valor p como se describe en el artículo es una prueba t de pares emparejados, emparejada en Replicate. JMP puede realizar esta prueba, aunque no fácilmente con los datos en el formato actual. Para verificar el valor p, creamos una tabla resumen. Haga clic en Tablas > Resumen. Elija Velocidad y luego haga clic en el menú desplegable Estadística y seleccione Media. Luego agregue Replicar al grupo y Tratamiento al subgrupo. Haga clic en Aceptar.
En la tabla de resumen, haga clic en Analizar > Modelado especializado > Pares coincidentes.
Arrastre la media (velocidad, control) y la media (velocidad, fármaco) a la sección Y, respuestas emparejadas.
Haga clic en Aceptar.
A partir del resultado podemos encontrar el valor p.
Después de agregar eso a la trama, obtenemos esta trama final:
