In un recente articolo sul Journal of Cell Biology, " SuperPlot: comunicare riproducibilità e variabilità nella biologia cellulare, "gli autori presentano raccomandazioni per la creazione di una visualizzazione dei dati (SuperPlot) con l'accento sulla presentazione simultanea della variabilità a livello di osservazione e della riproducibilità sperimentale.Gli autori dimostrano come creare il SuperPlot con diversi pacchetti software.In questo post del blog presento i passaggi necessari per riprodurre il SuperPlot utilizzando JMP.
L'articolo contiene dati campione costituiti da due trattamenti e tre repliche all'interno di ciascun trattamento. Ogni replica viene misurata 50 volte. Il grafico desiderato visualizza sia i dati grezzi, sia il riepilogo dei dati nei 50 record di ciascun trattamento. Per ciascun trattamento, la media e l'errore standard della media vengono calcolati con n = 3, non sui dati completi, e quindi aggiunti al grafico. Il primo passo in JMP è creare una colonna di riepilogo e aggiungerla alla nostra tabella dati. A tale scopo in JMP, selezionare contemporaneamente le colonne Replica e Trattamento. Quindi fai clic con il pulsante destro del mouse e scegli Nuova colonna formula > Raggruppa per. Non vi è alcuna modifica ai dati dopo questo passaggio. Successivamente seleziona la colonna Velocità, quindi fai clic con il pulsante destro del mouse e scegli Nuova colonna formula > Aggrega > Media per aggiungere una nuova colonna alla tabella dati con le medie. Sebbene questa colonna contenga i dati riepilogati desiderati, i valori vengono ripetuti ciascuno 50 volte, quindi non abbiamo ancora ridotto il nostro N. Per ridurre N, vogliamo rimuovere i record duplicati. Un modo per farlo è copiare i dati in un'altra colonna e quindi selezionare Replica, Trattamento e Copia della colonna Media. Fare clic su Righe > Selezione riga > Seleziona righe duplicate per selezionare 294 righe. Ora fai clic sulla colonna Media e premi Elimina per cancellare i record duplicati.
Ora siamo pronti per costruire la trama:
Fai clic su Grafico > Costruttore di grafici.
Trascina sia la colonna Velocità che quella Media su Y.
Trascina il trattamento su X.
Trascina Replica su Overlay.
Fare clic con il tasto destro nel grafico e scegliere Aggiungi > Punti.
Fare clic con il tasto destro nel grafico e scegliere Aggiungi > Barre.
Una volta completati questi passaggi, la trama sarà simile a questa:
Abbiamo tutti i componenti che ci servono, ma ora dobbiamo ripulire la trama. Sul lato sinistro, sotto il primo menu Punti, fai clic sul triangolo grigio accanto alle variabili e deseleziona Media.
Nel secondo menu Punti, fai clic sul triangolo grigio accanto alle variabili e deseleziona Velocità.
Trascina il limite del jitter all'estrema sinistra.
Nel menu Barra, fai clic sul triangolo grigio accanto alle variabili e deseleziona Velocità e Replica.
Cambia lo stile della barra in Mobile.
Modificare l'intervallo di errore in Errore standard.
Osservando la trama, ora possiamo vedere che ci stiamo avvicinando.
Successivamente, fai clic con il pulsante destro del mouse nel grafico e scegli Grafico > Dimensioni indicatore > XXL.
Ora fai doppio clic sulla legenda. Si aprirà la finestra di impostazione della legenda.
Fare clic con il tasto destro su ciascun elemento della legenda e impostare le caratteristiche desiderate. Per i dati grezzi, il primo set di 1, 2 e 3 ha cambiato i marcatori rispettivamente in cerchio, diamante e quadrato. Cambia la trasparenza in .1 per questi tre.
Cambia il colore della linea media in nero.
Cambia i marcatori per le medie (il secondo set di 1, 2 e 3) in modo che corrispondano ai marcatori dall'alto.
Cambia il colore della linea per l'errore standard in nero.
Infine, deseleziona la media. Seleziona 1, 2, 3 che hanno trasparenza 1, deseleziona quelli con trasparenza .1 in modo che la legenda sia più chiara.
Fare clic su OK nella finestra di impostazione della legenda.
Fare clic su Fine sulla trama.
Dopo aver seguito questi passaggi, otteniamo questa trama finale:
C'è un componente aggiuntivo aggiunto alla trama nell'articolo, che è un valore p. Sebbene JMP abbia la possibilità di calcolare il valore p, questo dovrà essere aggiunto manualmente al grafico. Sono disponibili uno strumento di disegno di linee e uno strumento di annotazione che possono essere utilizzati per aggiungere il valore p.
Il calcolo del valore p come descritto nel documento è un test t per coppie abbinate, abbinato su Replica. JMP può eseguire questo test, anche se non facilmente con i dati nel formato corrente. Per verificare il valore p, creiamo una tabella riepilogativa. Fare clic su Tabelle > Riepilogo. Scegli Velocità, quindi fai clic sul menu a discesa Statistiche e seleziona Media. Quindi aggiungere Replica al gruppo e Trattamento al sottogruppo. Fare clic su OK.
Dalla tabella di riepilogo fare clic su Analizza > Modellazione specializzata > Coppie corrispondenti.
Trascina sia la media (velocità, controllo) che la media (velocità, farmaco) nella sezione Y, risposte accoppiate.
Fare clic su OK.
Dall'output possiamo trovare il valore p.
Dopo averlo aggiunto alla trama, otteniamo questa trama finale:
