유전자형 재부호화JMP Genomics에는 뉴클레오티드(A,T,C,G)에서 숫자(주요 대립유전자 = 0, 보조 대립유전자 = 1, hets =2)로 유전자형(매트릭스 - 행의 샘플, 열의 마커)을 코딩하는 워크플로가 있었습니다.이제 게놈 분석이 JMP pro에서 제공되는데, 이를 수행하는 쉬운 방법을 찾지 못했습니다.나는 당신이 recoding을 확인할 수 있지만 원본 recoded 파일을 만들지 않는 것을 봅니다.이에 사용할 수 있는 스크립트나 추가 기능이 있습니까?감사합니다
JMP PRO 17.0.0을 사용하고 있습니다.
자동화 및 스크립팅Re: 유전자형을 다시 코딩합니다.안녕 @CramerRaoEagle1 ,
이배체를 가정하고 IUPAC 뉴클레오티드를 사용하는 경우 첨부된 스크립트는 A, C, G 및 T를 숫자형 유전자형(0개의 주요 동형접합, 1개의 이형접합, 2개의 작은 동형접합)으로 변환해야 합니다. 이는 또한 각 SNP의 열에 단일 IUPAC 뉴클레오티드 문자가 있다고 가정합니다.
각 열의 빈도에 따라 적절한 숫자 코딩을 확인하려면 Marker Statistics 플랫폼을 사용해야 하며 일부 SNP를 다시 코딩해야 할 수도 있습니다. 해당 단계도 스크립트에 추가했습니다.
이 스크립트가 귀하에게 적합한지 알려주세요.
