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Ricodificare i genotipi

JMP Genomics disponeva di un flusso di lavoro per ricodificare i genotipi (matrice - campioni nelle righe, marcatori nelle colonne), dal nucleotide (A,T,C,G) al numero (allele maggiore = 0, allele minore = 1, hets =2).Ora l'analisi genomica è offerta in JMP pro, non vedo un modo semplice per farlo.Vedo che puoi controllare la ricodifica, ma non creare il file ricodificato originale.Esiste uno script o un componente aggiuntivo che potrebbe essere disponibile per questo?GRAZIE

Sto usando JMP PRO 17.0.0

Automazione e scriptingRe: Ricodificare i genotipi

CIAO @CramerRaoEagle1 ,

 

Se assumiamo diploide e utilizziamo i nucleotidi IUPAC, lo script allegato dovrebbe convertire A, C, G e T in genotipi numerici (0 omozigoti maggiori, 1 eterozigote e 2 omozigoti minori). Ciò presuppone anche che ogni SNP abbia una singola lettera nucleotidica IUPAC nella sua colonna.

 

Dovresti comunque utilizzare la piattaforma Marker Statistics per verificare la corretta codifica numerica in base alla frequenza per ciascuna colonna e probabilmente dovrai ricodificare alcuni SNP. Ho aggiunto anche quel passaggio allo script.

 

Facci sapere se questo script funzionerà per te