Genotypen neu kodierenJMP Genomics verfügte über einen Arbeitsablauf zur Umkodierung von Genotypen (Matrix – Proben in Zeilen, Marker in Spalten), von Nukleotid (A,T,C,G) zu numerisch (Hauptallel = 0, Nebenallel = 1, Hets =2).Da die Genomanalyse jetzt in JMP Pro angeboten wird, sehe ich keine einfache Möglichkeit, dies zu tun.Ich sehe, dass Sie die Neukodierung überprüfen können, aber nicht, um die ursprüngliche neukodierte Datei zu erstellen.Gibt es dafür möglicherweise ein Skript oder Add-In?DANKE
Ich verwende JMP PRO 17.0.0
Automatisierung und SkripterstellungBetreff: Genotypen neu kodierenHallo @CramerRaoEagle1 ,
Wenn wir diploid annehmen und IUPAC-Nukleotide verwenden, sollte das beigefügte Skript A, C, G und T in numerische Genotypen umwandeln (0 große homozygote, 1 heterozygote und 2 kleine homozygote). Dies setzt auch voraus, dass jeder SNP einen einzelnen IUPAC-Nukleotidbuchstaben in seiner Spalte hat.
Sie müssten weiterhin die Plattform „Marker Statistics“ verwenden, um die korrekte numerische Kodierung basierend auf der Häufigkeit für jede Spalte zu überprüfen, und wahrscheinlich müssten einige der SNPs neu kodiert werden. Ich habe diesen Schritt auch zum Skript hinzugefügt.
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