重新編碼基因型JMP Genomics 有一個工作流程來重新編碼基因型（矩陣- 行中的樣本，列中的標記），從核苷酸（A、T、C、G）到數字（主要等位基因= 0，次要等位基因= 1，hets = 2）。現在 JMP pro 中提供了基因組分析，但我沒有看到一種簡單的方法來做到這一點。我看到您可以檢查重新編碼，但不能創建原始的重新編碼文件。是否有可用於此目的的腳本或加載項？謝謝
我使用的是 JMP PRO 17.0.0
自動化和腳本編寫回复：重新編碼基因型你好@CramerRaoEagle1 ,
如果我們假設二倍體並使用 IUPAC 核苷酸，則附加腳本應將 A、C、G 和 T 轉換為數字基因型（0 個主要純合子、1 個雜合子和 2 個次要純合子）。 這還假設每個 SNP 在其列中都有一個 IUPAC 核苷酸字母。
您仍然需要使用標記統計平台來根據每列的頻率驗證正確的數字編碼，並且可能需要重新編碼一些 SNP。 我也已將該步驟添加到腳本中。
讓我們知道這個腳本是否適合您
