遺伝子型を再コードするJMP Genomics には、ヌクレオチド (A、T、C、G) から数値 (メジャー アレル = 0、マイナー アレル = 1、hets =2) まで、遺伝子型 (マトリックス - 行のサンプル、列のマーカー) を再コード化するワークフローがありました。現在、ゲノム解析は JMP pro で提供されていますが、これを行う簡単な方法は見つかりません。再コーディングをチェックすることはできますが、元の再コーディングされたファイルを作成することはできないようです。これに利用できるスクリプトやアドインはありますか?ありがとう
JMP PRO 17.0.0を使用しています
自動化とスクリプト作成Re: 遺伝子型を再コードするこんにちは@CramerRaoEagle1 、
二倍体を仮定して IUPAC ヌクレオチドを使用する場合、添付のスクリプトは A、C、G、および T を数値遺伝子型 (メジャー ホモ接合性 0、ヘテロ接合性 1 つ、およびマイナー ホモ接合性 2 つ) に変換する必要があります。 これは、各 SNP の列に単一の IUPAC ヌクレオチド文字があることも前提としています。
各列の頻度に基づいて適切な数値コーディングを検証するには、引き続きマーカー統計プラットフォームを使用する必要があり、一部の SNP を再コーディングする必要がある可能性があります。 そのステップもスクリプトに追加しました。
このスクリプトが機能するかどうかをお知らせください
