Recoder les génotypesJMP Genomics disposait d'un workflow pour recoder les génotypes (matrice - échantillons en lignes, marqueurs en colonnes), du nucléotide (A,T,C,G) au numérique (allèle majeur = 0, allèle mineur = 1, hets =2).Maintenant que l'analyse génomique est proposée dans JMP pro, je ne vois pas de moyen facile de le faire.Je vois que vous pouvez vérifier le recodage, mais pas pour créer le fichier recodé d'origine.Existe-t-il un script ou un complément qui pourrait être disponible pour cela ?MERCI
J'utilise JMP PRO 17.0.0
Automatisation et scriptRe: Recoder les génotypesSalut @CramerRaoEagle1 ,
Si nous supposons diploïde et utilisons des nucléotides IUPAC, alors le script ci-joint doit convertir les A, C, G et T en génotypes numériques (0 homozygote majeur, 1 hétérozygote et 2 homozygotes mineurs). Cela suppose également que chaque SNP possède une seule lettre de nucléotide IUPAC dans sa colonne.
Vous devrez toujours utiliser la plate-forme Marker Statistics pour vérifier le codage numérique approprié en fonction de la fréquence pour chaque colonne et devrez probablement recoder certains des SNP. J'ai également ajouté cette étape au script.
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