重新编码基因型JMP Genomics 有一个工作流程来重新编码基因型（矩阵 - 行中的样本，列中的标记），从核苷酸（A、T、C、G）到数字（主要等位基因 = 0，次要等位基因 = 1，hets = 2）。现在 JMP pro 中提供了基因组分析，但我没有看到一种简单的方法来做到这一点。我看到您可以检查重新编码，但不能创建原始的重新编码文件。是否有可用于此目的的脚本或加载项？谢谢
我使用的是 JMP PRO 17.0.0
自动化和脚本编写回复：重新编码基因型你好@CramerRaoEagle1 ,
如果我们假设二倍体并使用 IUPAC 核苷酸，则附加脚本应将 A、C、G 和 T 转换为数字基因型（0 个主要纯合子、1 个杂合子和 2 个次要纯合子）。 这还假设每个 SNP 在其列中都有一个 IUPAC 核苷酸字母。
您仍然需要使用标记统计平台来根据每列的频率验证正确的数字编码，并且可能需要重新编码一些 SNP。 我也已将该步骤添加到脚本中。
让我们知道这个脚本是否适合您
