669984_es-ES

liliconcom

Recodificar genotipos

JMP Genomics tenía un flujo de trabajo para recodificar genotipos (matriz: muestras en filas, marcadores en columnas), desde el nucleótido (A, T, C, G) hasta el numérico (alelo mayor = 0, alelo menor = 1, hets = 2).Ahora que el análisis genómico se ofrece en JMP pro, no veo una manera fácil de hacerlo.Veo que puede verificar la grabación, pero no crear el archivo original grabado.¿Hay algún script o complemento que pueda estar disponible para esto?GRACIAS

Estoy usando JMP PRO 17.0.0

Automatización y secuencias de comandosRe: Recodificar genotipos

Hola @CramerRaoEagle1 ,

 

Si asumimos diploide y utilizamos nucleótidos IUPAC, entonces el script adjunto debería convertir A, C, G y T en genotipos numéricos (0 homocigotos mayores, 1 heterocigotos y 2 homocigotos menores). Esto también supone que cada SNP tiene una única letra de nucleótido IUPAC en su columna.

 

Aún necesitará utilizar la plataforma Marker Statistics para verificar la codificación numérica adecuada según la frecuencia de cada columna y probablemente necesitará recodificar algunos de los SNP. También agregué ese paso al guión.

 

Háganos saber si este script funcionará para usted