JMP 16 Pro 中的路徑分析我有一個包含 768 行數據的數據集，這些數據是在 32 個月內從具有不同地面植被和植物基因型的地塊中獲取的。 氣候數據（T、RH 和降雨）是在同一時期從附近的氣象站收集的。 我有蚜蟲的密度估計以及螞蟻和通才捕食者的發生數據。 我想使用JMP中的路徑分析來探索氣候的外生變量如何影響植物上蚜蟲和螞蟻捕食者的發生，以及螞蟻和捕食者的發生如何影響植物上蚜蟲的密度。 我一直在探索使用JMP 16 Pro的結構方程模型功能來構建合適的模型，但我仍然對如何在保持適當擬合的同時簡約地選擇合適的模型沒有信心。 我建立了以下具有 26 個參數的模型
氣溫、相對濕度和降雨量對蚜蟲的單向影響
螞蟻和捕食者與蚜蟲共變
T 與 RH 共變
RH 與降雨量同變
我的 CIF 接近 1，RMSEA 接近 0
輸出似乎還不錯，但內生變量（蚜蟲、螞蟻和捕食者）的 R2 相當低。
我嘗試對數據摘要進行相同的分析 - 樣本量減少到 64。 這給了我較低的 CIF 和較高的 RMSEA（即較差的擬合），但三個內生變量中每一個的 R2 都很大。
我的問題是：
1.是否可以使用平均值匯總而不是原始數據（樣本量下降但參數沒有變化）
2. 與 CIF 和 RMSEA 相比，內生變量的 R2 重要嗎？
3. 如何證明減少模型中的參數數量但刪除變量和/或減少變量配對是合理的。
我期待與 JMP 社區感興趣的成員進行互動，以澄清我的問題，並希望獲得有用的反饋，以確保我使用正確的方法來分析我的數據集。
謝謝
瑞克
高級統計建模回复：JMP 16 Pro 中的路徑分析嗨瑞克，
很高興聽到您正在探索將結構方程模型與數據結合使用！ 我製作了 3 行數據，以便清楚地了解您所擬合的模型。根據您帖子中的效果描述，我有以下路徑圖：
這與您正在擬合的模型相似嗎？ 如果是這樣，我認為一些規範問題可能會有所幫助。 根據您在第一段中對問題的描述，我懷疑更合適的模型可能如下所示：
但是，我不確定我是否理解數據中時間的表示方式。 您是否對每個變量進行 32 次重複測量（每月 1 次測量）？ 如果是這樣，您的數據是“寬”還是“長”格式？ SEM 需要“寬”格式。 例如，您可能有 Rain_1、Rain_2、...、Rain_32 用於重複測量降雨。 您可以考慮觀看此鏈接上的視頻，其中描述瞭如何在 SEM 中對縱向數據進行建模：
https://community.jmp.com/t5/Discovery-Summit-Americas-2021/Modeling-Trajectories-over-Time-with-Structural-Equation-Models/ta-p/398754
回答您的具體問題：
1. 是的，可以，但是研究問題會相應改變。 如果您對所有重複測量取平均值，那麼您將無法再檢查時間序列效應，而當您獲取一段時間內的數據時，這通常是令人感興趣的。
2. CFI 和 RMSEA 讓您了解模型與數據的擬合程度。 這是至關重要的，因為您只想解釋擬合良好的模型的結果。 一旦您知道您的模型適合數據，您就可以解釋結果，包括內生變量的 R2。
3. 減少模型中的參數數量應根據您測試特定假設的願望來完成。 例如，根據我粘貼的第二張圖像，我可能決定擬合兩個模型：1）一個模型正如我所描述的，2）一個模型，其中我消除了從氣候（T，RH，雨）到蚜蟲的單向路徑。 然後，我可以比較這兩個模型，以檢驗氣候對蚜蟲的獨特直接影響是否超出螞蟻和捕食者的間接影響這一假設。
哈特哈，
～勞拉
回复：JMP 16 Pro 中的路徑分析親愛的勞拉， 非常感謝您的解釋和建議。 我試圖擬合的模型是一個接近完整的模型（你的第二張圖），沒有 Rain 和 T 共變，我已經確定它們不共變。 螞蟻和掠食者共協，我將其保留在模型中。 時間元素在 32 個月內重複（每月收集一次數據），我將其作為一列（而不是交叉）包含在內。 該設計是裂區設計，分為 3 個重複區。 主圖是地被植物 (2)，次圖是植物基因型 (4)，因此觀測值總數為 2 個主圖 x 4 個子圖 x 3 個區塊 x 32 個月 = 768 個觀測值。 每次觀察是每個地被植物和塊中每種基因型 4 株植物的平均值。
我已經進行的探索性分析表明，大部分相對濕度和溫度的影響都是間接的。 CFI 和 RMSE 分別約為 0.9 和 <0.1。
您正確地指出我的方法缺少順序時間元素效應。 我如何將其合併到模型中。 也許我不需要擔心這個。 如果我對這 32 個月進行平均，我將沒有足夠的觀察結果來擬合我的模型。 重複的觀察使我能夠為模型提供足夠數量的觀察——每個參數至少 10 個。 我想加班進行單獨的分析，以確定在 32 個月的觀察中捕食者和螞蟻如何與蚜蟲循環。
我想與您分享數據的子集，但我寧願給您整個數據集。
還有一個問題，我嘗試了內生變量的變換和不變換。 這並沒有多大區別。
還要注意一點 - 氣候數據是在實驗之外收集的，適用於所有地塊 - 它們對於所有 32 個月的數據集都是相同的。
非常感謝您對此的協助。
最好的，
瑞克
