JMP 16 Pro 中的路径分析我有一个包含 768 行数据的数据集，这些数据是在 32 个月内从具有不同地面植被和植物基因型的地块中获取的。 气候数据（T、RH 和降雨）是在同一时期从附近的气象站收集的。 我有蚜虫的密度估计以及蚂蚁和通才捕食者的发生数据。 我想使用JMP中的路径分析来探索气候的外生变量如何影响植物上蚜虫和蚂蚁捕食者的发生，以及蚂蚁和捕食者的发生如何影响植物上蚜虫的密度。 我一直在探索使用JMP 16 Pro的结构方程模型功能来构建合适的模型，但我仍然对如何在保持适当拟合的同时简约地选择合适的模型没有信心。 我建立了以下具有 26 个参数的模型
气温、相对湿度和降雨量对蚜虫的单向影响
蚂蚁和捕食者与蚜虫共变
T 与 RH 共变
相对湿度与降雨量共同变化
我的 CIF 接近 1，RMSEA 接近 0
输出似乎还不错，但内生变量（蚜虫、蚂蚁和捕食者）的 R2 相当低。
我尝试对数据摘要进行相同的分析 - 样本量减少到 64。 这给了我较低的 CIF 和较高的 RMSEA（即较差的拟合），但三个内生变量中每一个的 R2 都很大。
我的问题是：
1.是否可以使用平均值汇总而不是原始数据（样本量下降但参数没有变化）
2. 与 CIF 和 RMSEA 相比，内生变量的 R2 重要吗？
3. 如何证明减少模型中的参数数量但删除变量和/或减少变量配对是合理的。
我期待与 JMP 社区感兴趣的成员进行互动，以澄清我的问题，并希望获得有用的反馈，以确保我使用正确的方法来分析我的数据集。
谢谢
瑞克
高级统计建模回复：JMP 16 Pro 中的路径分析嗨瑞克，
很高兴听到您正在探索将结构方程模型与数据结合使用！ 我制作了 3 行数据，以便清楚地了解您所拟合的模型。根据您帖子中的效果描述，我有以下路径图：
这与您正在拟合的模型相似吗？ 如果是这样，我认为一些规范问题可能会有所帮助。 根据您在第一段中对问题的描述，我怀疑更合适的模型可能如下所示：
但是，我不确定我是否理解数据中时间的表示方式。 您是否对每个变量进行 32 次重复测量（每月 1 次测量）？ 如果是这样，您的数据是“宽”还是“长”格式？ SEM 需要“宽”格式。 例如，您可能有 Rain_1、Rain_2、...、Rain_32 用于重复测量降雨。 您可以考虑观看此链接上的视频，其中描述了如何在 SEM 中对纵向数据进行建模：
https://community.jmp.com/t5/Discovery-Summit-Americas-2021/Modeling-Trajectories-over-Time-with-Structural-Equation-Models/ta-p/398754
回答您的具体问题：
1. 是的，可以，但是研究问题会相应改变。 如果您对所有重复测量取平均值，那么您将无法再检查时间序列效应，而当您获取一段时间内的数据时，这通常是令人感兴趣的。
2. CFI 和 RMSEA 让您了解模型与数据的拟合程度。 这是至关重要的，因为您只想解释拟合良好的模型的结果。 一旦您知道您的模型适合数据，您就可以解释结果，包括内生变量的 R2。
3. 减少模型中的参数数量应根据您测试特定假设的愿望来完成。 例如，根据我粘贴的第二张图像，我可能决定拟合两个模型：1）一个模型正如我所描述的，2）一个模型，其中我消除了从气候（T，RH，雨）到蚜虫的单向路径。 然后，我可以比较这两个模型，以检验气候对蚜虫的独特直接影响是否超出蚂蚁和捕食者的间接影响这一假设。
哈特哈，
～劳拉
回复：JMP 16 Pro 中的路径分析亲爱的劳拉， 非常感谢您的解释和建议。 我试图拟合的模型是一个接近完整的模型（你的第二张图），没有 Rain 和 T 共变，我已经确定它们不共变。 蚂蚁和掠食者共协，我将其保留在模型中。 时间元素在 32 个月内重复（每月收集一次数据），我将其作为一列（而不是交叉）包含在内。 该设计是裂区设计，分为 3 个重复区。 主图是地被植物 (2)，次图是植物基因型 (4)，因此观测值总数为 2 个主图 x 4 个子图 x 3 个区块 x 32 个月 = 768 个观测值。 每次观察是每个地被植物和块中每种基因型 4 株植物的平均值。
我已经进行的探索性分析表明，大部分相对湿度和温度的影响都是间接的。 CFI 和 RMSE 分别约为 0.9 和 <0.1。
您正确地指出我的方法缺少顺序时间元素效应。 我如何将其合并到模型中。 也许我不需要担心这个。 如果我对这 32 个月进行平均，我将没有足够的观察结果来拟合我的模型。 重复的观察使我能够为模型提供足够数量的观察——每个参数至少 10 个。 我想加班进行单独的分析，以确定在 32 个月的观察中捕食者和蚂蚁如何与蚜虫循环。
我想与您分享数据的子集，但我宁愿给您整个数据集。
还有一个问题，我尝试了内生变量的变换和不变换。 这并没有多大区别。
还要注意一点 - 气候数据是在实验之外收集的，适用于所有地块 - 它们对于所有 32 个月的数据集都是相同的。
非常感谢您对此的协助。
最好的，
瑞克
