列的簡單隨機樣本你好,
我知道如何使用 JMP 使用行而不是列創建 SRS。 我有 118,000 列作為轉錄組的一部分,我想計算所有基因(即行間)的標準差。 這樣做會導致 JMP 在具有 8 GB RAM 的 Macbook Air 上崩潰。 因此,我想知道是否可以選擇 5,000 或 10,000 個基因組併計算它們的標準差。 然後,我可以取幾個 SRS 的平均標準差(每列都是一個獨特的基因)。 如果我將表轉置到行中基因所在的位置,轉置步驟本身將導致 JMP 崩潰! 有任何想法嗎?
PS:我想附上數據文件,但它有 80 MB!
回复:列的簡單隨機樣本是的,我確實嘗試計算 118,000 列的標準差,但它凍結了 JMP,而且我通常會在幾個小時後放棄。 不過,我可能會嘗試讓它在今晚運行一夜。
另外,我了解到,當您將 12 個樣本的 118000 列堆疊在一起時,生成的 JMP 表超過 2 GB 並且不穩定! 這很奇怪,因為 118000 列 x 12 行的表只有 50 MB。 我想知道為什麼 6 列 x 150 萬行的表要大得多?
回复:列的簡單隨機樣本恭喜您找到解決方案!
如果您使用的是 JMP 14,您可能需要嘗試表中的以下列公式。 既然你說你的內存有限,並且可能會崩潰,所以先保存重要的東西。
Std Dev( Current Data Table()[Row(), Index( c1, c2 )] )
其中 c1 是第一列,c2 是最後一列,例如 6, 118005。
如果沒有崩潰,我會刪除公式。
順便說一句,堆疊表可能更有效地進行匯總。 只是提出一個可能的替代方案。
回复:列的簡單隨機樣本@abmayfield ,
我不知道有什麼方法可以在不使用腳本的情況下以交互方式完成此操作。
回复:列的簡單隨機樣本非常感謝。 這正是我所需要的。 現在我可以對列或堆棧數據進行 SRS。 只是出於好奇,您知道是否可以在不使用 JMP14 中編寫腳本的情況下將其關閉嗎? 謝謝,
安德森
回复:列的簡單隨機樣本為了回答我自己的問題,可以堆疊 118,000 個列,這使我能夠根據我的治療因素查看所有基因的標準差。 但我也會嘗試這個隨機列選擇腳本。
回复:列的簡單隨機樣本@abmayfield ,
如果我理解您的需求,您希望能夠在數據表中隨機選擇“n”列? 嘗試看看這個:
dt = Open( "$SAMPLE_DATA/Airline Delays.jmp" );
nColumns = n Cols(dt); <BR /><BR />nSampleCols = 2;
SelCols = As List(Random Index(nColumns,nSampleCols));
dt << Select columns(SelCols);
我認為這允許從數據表中隨機採樣“n”列。 現在您可以使用隨機樣本來做您想做的事情,請告訴我這是否是您想要的。