안녕하세요 JMP 커뮤니티,
고유 식별자를 기반으로 Human Protein Atlas 공개 웹사이트에서 생물학적 정보를 검색해야 합니다.
지금까지는 아래의 간단한 코드를 사용하여 웹 사이트에서 JSON 파일을 쉽게 검색하고 구문 분석할 수 있습니다.
Names DEfault to Here (1);
ID = "ENSG00000108691";
HTM_c = "https://www.proteinatlas.org/XXX.json";
HTM_str = Substitute (HTM_c, "XXX", ID);
request = New HTTP Request (URL (HTM_str), Method ("Get"));
temp = request << send ();
js_par = Parse JSON (temp);
JSON 문서의 선택된 부분만 수집하려고 하면 문제가 발생합니다(첨부 참조).
1) "js_par << Get Keys" 명령은 최상위 키만 검색하므로 "하위 키"는 사용할 수 없습니다.
2) "js_par << Get Values" 명령은 실제 값을 반환하지 않고 데이터 "컨테이너"의 형식을 반환합니다.
따라서 특정 키와 값을 검색할 수 있도록 JSON 문서를 어떻게 세분화할 수 있습니까?
모든 힌트를 환영합니다.
감사합니다.
최상의,
TS
json 가져오기 마법사가 필요한 작업을 수행하는지 확인하십시오. 그것을 공격하는 방법에는 여러 가지가 있습니다. JSL 솔루션은 다음과 같습니다.
dt = open("z:/ENSG00000108691.json",guess("huge", stack(1)),jsonwizard(0));
마법사 대화 상자를 보려면 0을 1로 변경하십시오.
이 파일에는 최선의 추측 선택이 있는 8개의 레코드가 있는 것 같습니다. 예상과 일치하지 않으면 GUI를 통해 원하는 항목을 직접 선택할 수 있지만 불필요한 열을 제거하는 것보다 더 많은 작업을 수행할 수 있는지는 잘 모르겠습니다.
(파일->열기, .json 확장자 선택, 미리보기로 데이터 선택, 열기)
json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json(및 XML) 대화 상자는 거의 동일합니다.
사실, 다시 포맷한 후(비주얼 스튜디오 코드가 작동함) 아마도 stack(0)을 사용하고 1행을 가져오는 것이 더 합리적일 것입니다. 각 열은 해당 열의 속성 목록입니다(추측 중입니다.). 동의어 열에는 8가지 가능성이 있습니다. 단백질 클래스에는 5가지 가능성이 있습니다. 첫 번째 예와 같이 행에 정렬하면 안 됩니다. 의도한 바가 아닌 것 같습니다.
요청하는 경우 테이블에는 구분 기호가 있는 문자 열 대신 표현식 열이 있습니다.
[
{
"Gene": "CCL2",
"Gene synonym": [
"GDCF-2",
"HC11",
"MCAF",
"MCP-1",
"MCP1",
"MGC9434",
"SCYA2",
"SMC-CF"
],
"Ensembl": "ENSG00000108691",
"Gene description": "C-C motif chemokine ligand 2",
"Uniprot": [
"P13500"
],
"Chromosome": "17",
"Position": "34255274-34257208",
"Protein class": [
"Cancer-related genes",
"Candidate cardiovascular disease genes",
"Human disease related genes",
"Plasma proteins",
"Predicted secreted proteins"
],
"Biological process": [
"Chemotaxis",
"Inflammatory response"
],
"Molecular function": [
"Cytokine"
],
"Disease involvement": [
"Cancer-related genes"
],
"Evidence": "Evidence at protein level",
"HPA evidence": "Evidence at protein level",
"UniProt evidence": "Evidence at protein level",
"NeXtProt evidence": "Evidence at protein level",
"RNA tissue specificity": "Tissue enhanced",
"RNA tissue distribution": "Detected in all",
"RNA tissue specificity score": null,
"RNA tissue specific nTPM": {
"urinary bladder": "726.7"
},
"RNA single cell type specificity": "Cell type enhanced",
"RNA single cell type distribution": "Detected in many",
"RNA single cell type specificity score": null,
"RNA single cell type specific nTPM": {
"Ductal cells": "2990.5",
"Exocrine glandular cells": "1242.1",
"Pancreatic endocrine cells": "1696.3",
"Secretory cells": "2061.7",
"Smooth muscle cells": "1284.8"
},
"RNA cancer specificity": "Low cancer specificity",
"RNA cancer distribution": "Detected in all",
"RNA cancer specificity score": null,
"RNA cancer specific FPKM": null,
"RNA brain regional specificity": "Low region specificity",
"RNA brain regional distribution": "Detected in all",
"RNA brain regional specificity score": null,
"RNA brain regional specific nTPM": null,
"RNA blood cell specificity": "Group enriched",
"RNA blood cell distribution": "Detected in some",
"RNA blood cell specificity score": "6",
"RNA blood cell specific nTPM": {
"classical monocyte": "7.6",
"eosinophil": "3.1"
},
"RNA blood lineage specificity": "Group enriched",
"RNA blood lineage distribution": "Detected in many",
"RNA blood lineage specificity score": "6",
"RNA blood lineage specific nTPM": {
"granulocytes": "3.1",
"monocytes": "7.6"
},
"RNA cell line specificity": "Low cancer specificity",
"RNA cell line distribution": "Detected in many",
"RNA cell line specificity score": null,
"RNA cell line specific nTPM": null,
"RNA tissue cell type enrichment": [
"Pancreas - Ductal cells"
],
"RNA mouse brain regional specificity": "Low region specificity",
"RNA mouse brain regional distribution": "Detected in some",
"RNA mouse brain regional specificity score": null,
"RNA mouse brain regional specific nTPM": null,
"RNA pig brain regional specificity": "Group enriched",
"RNA pig brain regional distribution": "Detected in all",
"RNA pig brain regional specificity score": "4",
"RNA pig brain regional specific nTPM": {
"midbrain": "13.1",
"spinal cord": "52.4"
},
"Antibody": [
"CAB013676",
"HPA019163"
],
"Reliability (IH)": "Approved",
"Reliability (Mouse Brain)": null,
"Reliability (IF)": "Approved",
"Subcellular location": [
"Golgi apparatus",
"Vesicles"
],
"Secretome location": "Secreted to blood",
"Secretome function": "Chemokine",
"CCD Protein": "NA",
"CCD Transcript": "NA",
"Blood concentration - Conc. blood IM [pg\/L]": 323000,
"Blood concentration - Conc. blood MS [pg\/L]": null,
"Blood expression cluster": null,
"Tissue expression cluster": "Cluster 7: Adipose tissue - Mixed function",
"Brain expression cluster": "Cluster 12: Non-specific - Vasculature",
"Cell line expression cluster": "Cluster 49: HMC-1 - Innate immune response",
"Single cell expression cluster": "Cluster 48: Smooth muscle cells - Signal transduction",
"Interactions": 4,
"Subcellular main location": [
"Golgi apparatus"
],
"Subcellular additional location": [
"Vesicles"
],
"Antibody RRID": {
"CAB013676": null,
"HPA019163": "AB_1846179"
},
"Pathology prognostics - Breast cancer": {
"prognostic type": "favorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "6.43e-2"
},
"Pathology prognostics - Cervical cancer": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "4.14e-2"
},
"Pathology prognostics - Colorectal cancer": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "4.78e-2"
},
"Pathology prognostics - Endometrial cancer": {
"prognostic type": "favorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "5.57e-2"
},
"Pathology prognostics - Glioma": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "2.37e-3"
},
"Pathology prognostics - Head and neck cancer": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "8.64e-2"
},
"Pathology prognostics - Liver cancer": {
"prognostic type": "favorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "2.78e-2"
},
"Pathology prognostics - Lung cancer": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "7.53e-2"
},
"Pathology prognostics - Melanoma": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "2.90e-1"
},
"Pathology prognostics - Ovarian cancer": {
"prognostic type": "favorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "1.19e-1"
},
"Pathology prognostics - Pancreatic cancer": {
"prognostic type": "favorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "9.33e-2"
},
"Pathology prognostics - Prostate cancer": {
"prognostic type": "favorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "2.65e-1"
},
"Pathology prognostics - Renal cancer": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": true,
"p_val": "4.51e-4"
},
"Pathology prognostics - Stomach cancer": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "1.33e-1"
},
"Pathology prognostics - Testis cancer": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "2.50e-2"
},
"Pathology prognostics - Thyroid cancer": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "1.81e-1"
},
"Pathology prognostics - Urothelial cancer": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "4.92e-2"
}
}
]