Ciao comunità JMP,
Devo recuperare informazioni biologiche dal sito web pubblico Human Protein Atlas sulla base di un identificatore univoco.
Finora, posso facilmente recuperare e analizzare il file JSON dal sito Web utilizzando il semplice codice riportato di seguito.
Names DEfault to Here (1);
ID = "ENSG00000108691";
HTM_c = "https://www.proteinatlas.org/XXX.json";
HTM_str = Substitute (HTM_c, "XXX", ID);
request = New HTTP Request (URL (HTM_str), Method ("Get"));
temp = request << send ();
js_par = Parse JSON (temp);
Il problema sorge quando provo a raccogliere solo una parte selezionata del documento JSON (vedi allegato):
1) Il comando "js_par << Get Keys" recupera solo le chiavi di primo livello, lasciando le "sottochiavi" non disponibili
2) Il comando "js_par << Get Values" non restituisce i valori effettivi, ma il formato dei dati "contenitori"
Quindi, come posso scomporre il documento JSON per consentire il recupero di chiavi e valori specifici?
Qualsiasi suggerimento sarebbe il benvenuto.
Grazie.
Migliore,
ST
Verifica se la procedura guidata di importazione json fa ciò di cui hai bisogno. Esistono diversi modi per attaccarlo; potrebbe sembrare una soluzione JSL
dt = open("z:/ENSG00000108691.json",guess("huge", stack(1)),jsonwizard(0));
cambia lo 0 in 1 per vedere la finestra di dialogo della procedura guidata.
questo file sembra avere 8 record con la scelta migliore. Se ciò non corrisponde alle tue aspettative, potresti voler selezionare manualmente ciò che desideri tramite la GUI, ma non sono sicuro che tu possa fare molto di più che rimuovere le colonne non necessarie.
(file-> apri, seleziona l'estensione .json, seleziona i dati usando l'anteprima, apri.)
json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (and XML) dialogs are almost identical.json (e XML) le finestre di dialogo sono quasi identiche.
In realtà, dopo la riformattazione (il codice di Visual Studio ha funzionato), probabilmente ha più senso usare stack(0) e ottenere 1 riga. Ogni colonna è un elenco di attributi per quella colonna (immagino). La colonna dei sinonimi ha 8 possibilità. La classe delle proteine ha 5 possibilità. Non dovrebbero essere allineati su righe come mostra il primo esempio, suppongo che non fosse quello che era previsto.
La tabella avrà colonne di espressione invece di colonne di caratteri con delimitatori se le chiedi:
[
{
"Gene": "CCL2",
"Gene synonym": [
"GDCF-2",
"HC11",
"MCAF",
"MCP-1",
"MCP1",
"MGC9434",
"SCYA2",
"SMC-CF"
],
"Ensembl": "ENSG00000108691",
"Gene description": "C-C motif chemokine ligand 2",
"Uniprot": [
"P13500"
],
"Chromosome": "17",
"Position": "34255274-34257208",
"Protein class": [
"Cancer-related genes",
"Candidate cardiovascular disease genes",
"Human disease related genes",
"Plasma proteins",
"Predicted secreted proteins"
],
"Biological process": [
"Chemotaxis",
"Inflammatory response"
],
"Molecular function": [
"Cytokine"
],
"Disease involvement": [
"Cancer-related genes"
],
"Evidence": "Evidence at protein level",
"HPA evidence": "Evidence at protein level",
"UniProt evidence": "Evidence at protein level",
"NeXtProt evidence": "Evidence at protein level",
"RNA tissue specificity": "Tissue enhanced",
"RNA tissue distribution": "Detected in all",
"RNA tissue specificity score": null,
"RNA tissue specific nTPM": {
"urinary bladder": "726.7"
},
"RNA single cell type specificity": "Cell type enhanced",
"RNA single cell type distribution": "Detected in many",
"RNA single cell type specificity score": null,
"RNA single cell type specific nTPM": {
"Ductal cells": "2990.5",
"Exocrine glandular cells": "1242.1",
"Pancreatic endocrine cells": "1696.3",
"Secretory cells": "2061.7",
"Smooth muscle cells": "1284.8"
},
"RNA cancer specificity": "Low cancer specificity",
"RNA cancer distribution": "Detected in all",
"RNA cancer specificity score": null,
"RNA cancer specific FPKM": null,
"RNA brain regional specificity": "Low region specificity",
"RNA brain regional distribution": "Detected in all",
"RNA brain regional specificity score": null,
"RNA brain regional specific nTPM": null,
"RNA blood cell specificity": "Group enriched",
"RNA blood cell distribution": "Detected in some",
"RNA blood cell specificity score": "6",
"RNA blood cell specific nTPM": {
"classical monocyte": "7.6",
"eosinophil": "3.1"
},
"RNA blood lineage specificity": "Group enriched",
"RNA blood lineage distribution": "Detected in many",
"RNA blood lineage specificity score": "6",
"RNA blood lineage specific nTPM": {
"granulocytes": "3.1",
"monocytes": "7.6"
},
"RNA cell line specificity": "Low cancer specificity",
"RNA cell line distribution": "Detected in many",
"RNA cell line specificity score": null,
"RNA cell line specific nTPM": null,
"RNA tissue cell type enrichment": [
"Pancreas - Ductal cells"
],
"RNA mouse brain regional specificity": "Low region specificity",
"RNA mouse brain regional distribution": "Detected in some",
"RNA mouse brain regional specificity score": null,
"RNA mouse brain regional specific nTPM": null,
"RNA pig brain regional specificity": "Group enriched",
"RNA pig brain regional distribution": "Detected in all",
"RNA pig brain regional specificity score": "4",
"RNA pig brain regional specific nTPM": {
"midbrain": "13.1",
"spinal cord": "52.4"
},
"Antibody": [
"CAB013676",
"HPA019163"
],
"Reliability (IH)": "Approved",
"Reliability (Mouse Brain)": null,
"Reliability (IF)": "Approved",
"Subcellular location": [
"Golgi apparatus",
"Vesicles"
],
"Secretome location": "Secreted to blood",
"Secretome function": "Chemokine",
"CCD Protein": "NA",
"CCD Transcript": "NA",
"Blood concentration - Conc. blood IM [pg\/L]": 323000,
"Blood concentration - Conc. blood MS [pg\/L]": null,
"Blood expression cluster": null,
"Tissue expression cluster": "Cluster 7: Adipose tissue - Mixed function",
"Brain expression cluster": "Cluster 12: Non-specific - Vasculature",
"Cell line expression cluster": "Cluster 49: HMC-1 - Innate immune response",
"Single cell expression cluster": "Cluster 48: Smooth muscle cells - Signal transduction",
"Interactions": 4,
"Subcellular main location": [
"Golgi apparatus"
],
"Subcellular additional location": [
"Vesicles"
],
"Antibody RRID": {
"CAB013676": null,
"HPA019163": "AB_1846179"
},
"Pathology prognostics - Breast cancer": {
"prognostic type": "favorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "6.43e-2"
},
"Pathology prognostics - Cervical cancer": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "4.14e-2"
},
"Pathology prognostics - Colorectal cancer": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "4.78e-2"
},
"Pathology prognostics - Endometrial cancer": {
"prognostic type": "favorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "5.57e-2"
},
"Pathology prognostics - Glioma": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "2.37e-3"
},
"Pathology prognostics - Head and neck cancer": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "8.64e-2"
},
"Pathology prognostics - Liver cancer": {
"prognostic type": "favorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "2.78e-2"
},
"Pathology prognostics - Lung cancer": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "7.53e-2"
},
"Pathology prognostics - Melanoma": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "2.90e-1"
},
"Pathology prognostics - Ovarian cancer": {
"prognostic type": "favorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "1.19e-1"
},
"Pathology prognostics - Pancreatic cancer": {
"prognostic type": "favorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "9.33e-2"
},
"Pathology prognostics - Prostate cancer": {
"prognostic type": "favorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "2.65e-1"
},
"Pathology prognostics - Renal cancer": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": true,
"p_val": "4.51e-4"
},
"Pathology prognostics - Stomach cancer": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "1.33e-1"
},
"Pathology prognostics - Testis cancer": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "2.50e-2"
},
"Pathology prognostics - Thyroid cancer": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "1.81e-1"
},
"Pathology prognostics - Urothelial cancer": {
"prognostic type": "unfavorable",
"is_prognostic": false,
"p_val": "4.92e-2"
}
}
]