BildanalysatorZuvor habe ich ein JSL-Skript namens geschrieben, das aus einem Bild eine Datentabelle generiert ImageToDatatable JSL Seitdem habe ich Anfragen nach der Möglichkeit gehört, Zeilen in der Datentabelle auszuwählen und die Auswahl im Bild widerzuspiegeln. Mit diesem Skript können Sie ein Bild öffnen und es in einem Fenster anzeigen lassen sowie eine Datentabelle aus dem Bild erstellen. Von der Datentabelle aus können Sie Ihre Analyse durchführen, beispielsweise eine Verteilung der Intensitätswerte. Sie können dann in der Verteilung (oder einer anderen Visualisierung), in der Datentabelle oder im Bild auswählen und alle drei werden aktualisiert, um die Auswahl anzuzeigen. Die Auswahl im Bild wird durch Transparenz der nicht ausgewählten Pixel angezeigt, sodass die ausgewählten Pixel hervorgehoben angezeigt werden. Sie können dem Bildfenster eine Hintergrundfarbe zuweisen, sodass transparente Pixel nicht weiß, sondern in der von Ihnen gewählten Hintergrundfarbe angezeigt werden.
Durch Auswahl der höchsten Intensitätswerte in der Verteilung wird die höchste Fibrinkonzentration in den Blutzellen ermittelt.
Aktualisieren (8. September 2015): Dies wurde ursprünglich als Skript veröffentlicht, wird jetzt jedoch als Add-In gepackt, damit es im Add-Ins-Menü angezeigt werden kann. Es wurde außerdem aktualisiert, um zu erkennen, wann ein Graustufenbild geöffnet wird. In diesem Fall werden keine RGB- und HLS-Spalten erstellt, da das Bild keine Farbe enthält. Sie sehen nur eine Intensitätswertspalte zusammen mit den XY-Positionsspalten.
Ausgabe (26. Okt. 2015): Ein Kunde hat ein Problem gemeldet, bei dem beim Versuch, Pixel im Bild auszuwählen, ein Warnfenster angezeigt wurde. Nach einigen Tests konnten wir feststellen, dass es sich nur um ein Problem mit Version 11.0.0 handelte. Durch ein Upgrade auf 11.1.0 (oder höher) wird das Problem behoben.
Aktualisieren (15. Juli 2016): Ich habe dem Image Analyzer einige neue Funktionen hinzugefügt. Am bemerkenswertesten ist die Fähigkeit, Bilder mit mehreren Bildern zu verarbeiten. Wenn Sie ein animiertes GIF oder TIFF mit mehreren Frames haben, liest der Image Analyzer alle Frames ein und erstellt die Datentabelle wie zuvor, enthält jetzt jedoch eine Spalte für die Frame-Nummer. Außerdem wird ein Textfeld mit der aktuellen Bildnummer sowie Vor- und Weiter-Pfeilen angezeigt, sodass Sie durch die Bilder blättern können. Wenn Ihr Bild nicht über mehrere Frames verfügt, werden diese Steuerelemente nicht in der Benutzeroberfläche angezeigt und es funktioniert weiterhin und sieht aus wie in der vorherigen Version. Es gibt einige neue Auswahlsteuerungen – Composite und Delay. Wenn „Composite“ aktiviert ist, umfasst eine Auswahl nicht nur die Pixel für den aktuellen Frame, sondern alle entsprechenden Pixel in allen Frames. Dies ist nur für Mehrbildbilder verfügbar. Da die Auswahl manchmal langsam ist, insbesondere bei mehreren Bildern, können Sie die Option „Verzögern“ auswählen, die das Auswahlrechteck anzeigt, aber die Aktualisierung der Auswahl (in der Datentabelle und im Bild) verzögert, bis Sie die Maustaste loslassen. Ich habe auch eine Option hinzugefügt, um die Farbe des Auswahlrechtecks zu ändern. Mir ist aufgefallen, dass dies ein Problem war, wenn ich zwischen wirklich hellen und dunklen Bildern wechselte. Jetzt können Sie die Farbe des Auswahlrechtecks ändern, sodass es immer sichtbar ist.
Die Multi-Frame-Funktion erfordert Funktionen, die in Version 13 von JMP hinzugefügt wurden, sodass Sie die Steuerelemente für die mehreren Frames nur sehen, wenn Sie JMP 13 (oder höher) ausführen und Ihr Bild mehrere Frames enthält.Diese Version des Add-Ins kann in früheren Versionen von JMP installiert werden, funktioniert jedoch wie zuvor und hat nur Zugriff auf den ersten Frame.
kann mir das jemand erklären? Ich bin neu in JMP.
Betreff: BildanalysatorNur eine Kuriosität: Ist es möglich, die JSL-Codes zu entwickeln, um Bilder in ihre Vektorformen umzuwandeln (um das sogenannte Einbetten durchzuführen), wie es die Algorithmen wie Inception v3, VGG-16 oder VGG-19 tun? Danke
Betreff: BildanalysatorCooles Zeug. Ich arbeite dran.
Vielen Dank!.
Betreff: BildanalysatorWow. Das ist ein schönes Add-In! Vielen Dank. Da ich kein Experte im Farbbereich bin und gerade erst mit diesem Thema beginne, habe ich eine Frage, was „I“ in der generierten Tabelle bedeutet – genau zwischen RGB und HLS. Ich nehme an, es muss „Intensität“ sein, oder?
Danke schön!
Betreff: BildanalysatorWas für ein wunderbares Add-In.Ich wechsle zwischen ImageJ (in seiner FIJI-Inkarnation) und QGIS (GIS-Software) und JMP für die Analyse von Fernerkundungsbildern für Umweltzwecke und habe meinen eigenen Export-/Import-Workflow zusammengeschustert, bevor ich das gefunden habe.Sie haben mir Stunden erspart und bestimmte Analyselinien wieder möglich gemacht.(Und sofortiges HLS parallel zu RGB ist das Tüpfelchen auf dem i.) Sehr geschätzt.
Betreff: BildanalysatorHallo,
Können Sie die umgekehrte Aktion ausführen, indem Sie die Daten verwenden und das Bild erstellen?
Danke
Betreff: Bildanalysator<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Derzeit erfolgt die Auswahl innerhalb des JSL-Skripts und es handelt sich immer um ein Rechteck. Ich bin nicht sicher, ob ich die benutzerdefinierten Auswahltools als Add-In verwenden kann. Ich werde das untersuchen. Danke für den Vorschlag.
Betreff: BildanalysatorDas ist ein großartiges Tool, vielen Dank für die Erstellung!
Ist es möglich, eines der benutzerdefinierten Auswahlwerkzeuge für die Regionsauswahl zu verwenden, z. B. das Lasso oder den Pinsel?Derzeit scheint nur die Auswahl rechteckiger Regionen zu funktionieren.
Betreff: BildanalysatorOh, ja.Ich bin völlig davon ausgegangen, dass sie gleich sind.Vielen Dank für den Hinweis.
Betreff: BildanalysatorWenn Sie sich Ihr letztes Bild ansehen (ich nehme an, es stammt von ImageJ), wird die Farbe als HSB (Farbton, Sättigung und Helligkeit) dargestellt. Dies wird als HSB- oder manchmal HSV-Farbraum bezeichnet (wobei V der Wert ist). In JMP verwenden wir den HLS- (Hue, Lightness and Saturation) oder HSL-Farbraum. Aufgrund der Namen könnte man erwarten, dass die Sättigung in beiden Farbräumen gleich ist, aber tatsächlich ist dies nicht der Fall. Obwohl die Farbräume HSL und HSV in ihrer Funktion ähnlich sind, unterscheiden sie sich in der Art und Weise, wie sie dies tun. Ich würde erwarten, dass der Farbton derselbe ist, und es scheint, dass er auf Ihren Bildern oben basiert. Aber die Sättigung wird in beiden Systemen unterschiedlich berechnet, ebenso wie die Helligkeit/Helligkeit/der Wert. Hier ist ein Link zu einer Seite, die die Unterschiede erklärt: HSL und HSV – Wikipedia, die freie Enzyklopädie
Ich hoffe das hilft,
JohnP
Betreff: BildanalysatorHallo John, ich habe eine Frage zur Art und Weise, wie HLS verarbeitet wird. Ich habe eine Diskrepanz zwischen Ihren Sättigungszahlen bei Verwendung von ColortoHLS und ImageJs.
Für das beigefügte Bild erhalte ich zwei verschiedene Sättigungsverteilungen.
Ich verstehe, wenn Sie nicht mit ImageJ gearbeitet haben, aber ich habe mich gefragt, ob Ihnen ein Grund für den Modus 1 für Ihre Sättigungswerte einfällt (außer „Das ist es“).
Vielen Dank für dieses Plugin, es ist wunderschön.
Betreff: BildanalysatorTolle Frage! Das Add-in erstellt die Interaktion, indem es die Datentabelle aus dem Bild generiert. Wenn Sie das Add-in verwenden, um das Bild erneut zu öffnen (und die Datentabelle neu zu generieren), sind die von Ihnen hinzugefügten Spalten nicht mehr vorhanden. Und wenn Sie JMP verwenden, um die Datentabelle (mit Ihren hinzugefügten Spalten) zu öffnen, besteht keine Verknüpfung mit dem Bild. Es hört sich so an, als müsste ich eine neue Version des Add-Ins oder ein anderes Add-In erstellen, das in die andere Richtung geht – ein Bild aus der Datentabelle generieren. Wenn die Datentabelle ursprünglich aus dem Bild generiert wurde, wäre es einfach, das Bild aus der Datentabelle zu generieren. Ich werde das zu meiner Liste der Verbesserungen für das Add-in hinzufügen.
Danke für den Vorschlag!
Betreff: BildanalysatorSehr nützliches Add-In für JMP! Jedoch, Ich möchte nur fragen: Wie kann ich die Interaktion zwischen der Datentabelle und dem Bild abrufen, wenn ich JMP schließe? Das liegt daran, dass ich in dieser Datentabelle zusätzliche Spalten erstellt und gespeichert habe. Aber jedes Mal, wenn ich sie schließe und die Tabelle für eine weitere Sitzung erneut öffne, kann ich keine Möglichkeit finden, die Interaktion mit dem Bild abzurufen.
Danke schön!
Betreff: BildanalysatorDarüber hatte ich nicht wirklich nachgedacht. In JMP können Sie mithilfe von JSL eine Verbindung zu einer DLL herstellen und Funktionen aufrufen, die über die DLL verfügbar gemacht werden. Hier ist ein Link zu weiteren Informationen dazu: Dynamic Link Libraries (DLLs) . Ich weiß nicht, ob Ihnen das bei den von Ihnen verwendeten externen Programmen hilft. Welche Funktionalität nutzen Sie durch diese anderen Programme? Welche Funktionalität würden Sie sich für JMP für Ihre Bildanalyse-Arbeit wünschen?
Danke für die Vorschläge!
Betreff: BildanalysatorJohn, diese Arbeit zur Bildanalyse ist für JMP sehr leistungsstark. Bei vielen meiner Analysen verwende ich externe Programme (insbesondere ImageJ), um die Daten für die Analyse in JMP zu erstellen.
Gibt es Überlegungen, in einer zukünftigen Version oder als Add-In eine Verbindung verfügbar zu machen, ähnlich wie R usw.?
David
Betreff: BildanalysatorSehr wertvolles Drehbuch. Ich hoffe, dass wir in JMP eine Weiterentwicklung der Bildanalysefunktionen sehen werden.
Betreff: BildanalysatorSehr interessant!Danke schön!
Betreff: BildanalysatorIm Diagrammersteller (Boxplot) sieht es so aus, als würden Sie zwei Ereignisse (UHAST und UHASTx) in unterschiedlichen Zeitintervallen vergleichen.
Jedes Kästchen repräsentiert Sie 48 Stunden, 144 Stunden, 192 Stunden, 288 Stunden (Kategorie? Beschriftung?).
Ich bin mir jedoch nicht sicher, wie hoch der Y-Wert ist
Für mich kann dieser Boxplot für eine bessere grafische Analyse optimiert werden, um Unterschiede zwischen Ereignissen in jedem Zeitintervall zu erkennen. Vielleicht sollten Sie das Zeitintervall in der Datentabelle stapeln.
