Deux variables bloquantes pour que DSD intègre des répliques et plusieurs points d'échantillonnage ?Bonjour,
Je mets en place une expérience où je mesure les changements dans le nombre de cellules en réponse à la concentration de 8 ingrédients de milieux de culture cellulaire différents (c'est-à-dire des facteurs continus). Un DSD avec 8 exécutions supplémentaires me donne une expérience de 29 exécutions pour cela. Étant donné que le principal puits de temps de cette expérience consiste à composer les différents mélanges de médias, je prévois d'exécuter 3 répliques exactes, de préférence bloquées car les répliques seront dans différentes plaques à 96 puits et les différences de manipulation (par exemple, le temps non passé dans l'incubateur, etc.) peut entraîner une croissance différentielle. Tout est assez facile à configurer en augmentant le DSD.
| Courir | Mélange de médias | Bloc | Réponse |
| 1 | 1 | 1 | ? |
| ... | ... | ... | ... |
| 28 | 28 | 1 | ? |
| 29 | 29 | 1 | ? |
| 30 | 1 | 2 | ? |
Cependant, je recueille également des données sur plusieurs jours (mesure non invasive du nombre de cellules) de ces séries, jusqu'à 7 fois. Je m'attends à ce que la différence entre les traitements augmente en raison de la croissance exponentielle des cellules jusqu'à un certain point, puis diminue à nouveau à mesure qu'elles manquent d'espace. Je pourrais ajuster les modèles aux données des jours individuels et utiliser celui avec les meilleures PValues, mais cela semble être un gaspillage de données de ne pas tout intégrer dans un seul modèle.
Cependant, d'après ce que je comprends, si je n'utilisais qu'une seule variable de blocage et mettais toutes les combinaisons répétition/jour dans des blocs séparés (voir ci-dessous), je créerais un crénelage de la variabilité de réponse due à différents jours et différentes répliques.
| Courir | Mélange de médias | Jour | Bloc | Réponse |
| 1 | 1 | 1 | 1 | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... |
| 28 | 28 | 1 | 1 | ? |
| 29 | 29 | 1 | 1 | ? |
| 30 | 1 | 1 | 2 | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... |
| 87 | 29 | 1 | 3 | ? |
| 88 | 1 | 2 | 4 | ? |
Est-il possible d'utiliser deux variables bloquantes pour contourner ce problème ?
| Courir | Mélange de médias | Jour | Bloc A | Bloc B | Réponse |
| 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... | ... |
| 28 | 28 | 1 | 1 | 1 | ? |
| 29 | 29 | 1 | 1 | 1 | ? |
| 30 | 1 | 1 | 2 | 1 | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... | ... |
| 87 | 29 | 1 | 3 | 1 | ? |
| 88 | 1 | 2 | 1 | 2 | ? |
J'espère que ce que je demande a du sens. Je pense que je pourrais alternativement mettre le jour comme facteur catégorique, mais je ne veux pas qu'un modèle l'inclue, donc cela semble inutile.
Conception d'expériencesRe : Deux variables de blocage pour DSD pour intégrer des répétitions et plusieurs points d'échantillonnage ?Correction, c'est 10 facteurs, évidemment.
J'ai pensé : serait-il avantageux d'inclure à la place les mesures prises à différents jours comme leurs propres réponses ?
| Courir | Mélange de médias | Jour | Bloc | Jour de réponse 1 | Jour de réponse 2 | ... | Jour de réponse 7 |
| 1 | 1 | 1 | 1 | ? | ? | ... | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ... |
| 28 | 28 | 1 | 1 | ? | ? | ... | ? |
| 29 | 29 | 1 | 1 | ? | ? | ... | ? |
| 30 | 1 | 1 | 2 | ? | ? | ... | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ... |
| 87 | 29 | 1 | 3 | ? | ? | ... | ? |
| 88 | 1 | 2 | 4 | ? | ? | ... | ? |
Re : Deux variables de blocage pour DSD pour intégrer des répétitions et plusieurs points d'échantillonnage ?Salut @ Escargot2212 ,
Je suis désolé, mais je ne comprends pas très bien votre besoin et l'utilisation de deux blocages.
Si j'ai bien compris, un des blocages concernait la mesure de la variabilité diurne. Concernant la mesure sur 7 jours, êtes-vous capable de mesurer pour chaque jour chaque run expérimental ?
- Si oui, comme vous le suggérez, vous pouvez créer différentes colonnes de réponse pour chaque jour et effectuer une analyse par jour, ou empiler vos données, puis utiliser une approche d'analyse de courbe (FDE avec JMP Pro, Fit Curve ou Nonlinear avec JMP).
- Si non, alors vous pouvez utiliser un bloc pour tenir compte du fait que la mesure que vous faites dépend du jour, ce qui est une source de variabilité non prise en compte dans les facteurs de votre plan d'expérience.
Le deuxième facteur de blocage que vous étudiez concerne l'utilisation de différentes plaques 96 puits pour vos expériences ?
Comme vous le mentionnez, vous pouvez ensuite créer un bloc lors de la création de la conception (ou lors de son augmentation) pour représenter le fait que les expériences se dérouleront sur différentes plaques, et l'utilisation de ce facteur de blocage dans la conception veillera à ce que les blocs soient les les plus semblables les uns aux autres. Ou créez simplement le DSD d'origine, puis copiez-collez la conception 3 fois et ajoutez une colonne de bloc avec les propriétés de colonne pertinentes : Ordre de la valeur (pour l'ordre des blocs), Exécutions par bloc, Rôle de conception (= Blocage) et Facteur Changements (faciles ?).
J'espère que cette première réponse vous aidera,
Re : Deux variables de blocage pour DSD pour intégrer des répétitions et plusieurs points d'échantillonnage ?Les conceptions de criblage définitives bénéficient de la structure repliée, mais cette structure impose des règles rigides. Concevoir l'expérience que vous voulez avec Custom Design peut être plus facile. Le DSD est un cas particulier d'un conception personnalisée utilisant le critère d'alias optimal .
Re : Deux variables de blocage pour DSD pour intégrer des répétitions et plusieurs points d'échantillonnage ?Merci Victor, c'était vraiment utile. Je peux en effet mesurer toutes les conditions et toutes les réplications sur tous les jours, ce qui me donne une abondance de données que je ne voulais pas jeter. J'ai trouvé une conférence en ligne intitulée "JMP Academic : Analyse des données de fonction (alias Curve) avec JMP Pro" basée sur vos suggestions, et je suis ravi des possibilités. Cet outil me permettrait d'analyser mes constituants médiatiques non seulement pour un seul résultat comme la croissance du nombre de cellules, mais des données extrêmement précieuses sur toutes les phases de croissance (phase de latence initiale, taux de croissance pendant la phase exponentielle, densité cellulaire maximale en phase stationnaire, etc), étant donné que mes données sont de qualité suffisante et suffisamment denses. Probablement plus utile une fois que je construis un RSM par opposition à la phase de dépistage, mais c'est excitant !
Merci également pour vos conseils pratiques sur la façon d'utiliser JMP pour faire ce que je veux. En tant que personne n'ayant que Google à m'apprendre, les pointeurs qui peuvent sembler évidents pour les utilisateurs expérimentés sont très appréciés.
Re : Deux variables de blocage pour DSD pour intégrer des répétitions et plusieurs points d'échantillonnage ?Merci, Marc. Je fais une expérience de dépistage où je m'attends à ce qu'au moins quelques facteurs ne soient pas pertinents, donc je voulais utiliser le DSD pour sa capacité à s'effondrer en quelque chose de plus significatif pour quelques effets actifs. Je me rends compte que la solution que j'ai proposée de transformer les jours en un facteur catégoriel à plusieurs niveaux m'aurait empêché de l'utiliser, ce n'était pas une idée très intelligente.
