DSD がレプリケートと複数のサンプリング ポイントを統合するための 2 つのブロック変数?こんにちは、
8 つの異なる細胞培養培地成分 (連続因子) の濃度に応じた細胞数の変化を測定する実験を設定しています。 8 回の追加実行を含む DSD により、これに対して 29 回の実行実験が可能になります。 この実験の主な時間シンクは異なる培地混合を構成することであるため、3 つの正確な複製を実行する予定です。複製は異なる 96 ウェル プレートに配置されるため、できればブロックされ、処理の違い (例: メディア ミックスに費やされなかった時間など)インキュベーターなど）成長の差異が生じる可能性があります。 DSD を拡張するだけでセットアップがすべて簡単になります。
| 走る | メディアミックス | ブロック | 応答 |
| 1 | 1 | 1 | ? |
| ... | ... | ... | ... |
| 28 | 28 | 1 | ? |
| 29 | 29 | 1 | ? |
| 30 | 1 | 2 | ? |
ただし、これらの実行のデータを数日間にわたって (細胞数を非侵襲的に測定して) 最大 7 回収集しています。 ある時点まではセルが指数関数的に増殖するため、処理間の差は増加し、スペースがなくなると再び減少すると予想しています。 モデルを個々の日のデータに適合させ、最も優れた PValue を持つモデルを使用することもできますが、すべてを 1 つのモデルに統合しないのはデータの無駄のように思えます。
ただし、私の理解では、1 つのブロッキング変数を使用し、すべてのレプリケート/日の組み合わせを個別のブロック (以下を参照) に配置した場合、異なる日と異なるレプリカによる応答の変動にエイリアスが付けられることになります。
| 走る | メディアミックス | 日 | ブロック | 応答 |
| 1 | 1 | 1 | 1 | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... |
| 28 | 28 | 1 | 1 | ? |
| 29 | 29 | 1 | 1 | ? |
| 30 | 1 | 1 | 2 | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... |
| 87 | 29 | 1 | 3 | ? |
| 88 | 1 | 2 | 4 | ? |
この問題を回避するために 2 つのブロック変数を使用することは可能ですか?
| 走る | メディアミックス | 日 | ブロックA | ブロックB | 応答 |
| 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... | ... |
| 28 | 28 | 1 | 1 | 1 | ? |
| 29 | 29 | 1 | 1 | 1 | ? |
| 30 | 1 | 1 | 2 | 1 | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... | ... |
| 87 | 29 | 1 | 3 | 1 | ? |
| 88 | 1 | 2 | 1 | 2 | ? |
私の質問が意味があるといいのですが。 代わりに、その日をカテゴリ要素として入れることもできると思いますが、どのモデルにも日を含めたくないので、不要だと思います。
実験計画法Re: DSD がレプリケートと複数のサンプリング ポイントを統合するための 2 つのブロック変数はありますか?訂正します、明らかに 10 要素です。
私は次のように考えています。代わりに、別の日の測定値を独自の応答として含める方が有益でしょうか?
| 走る | メディアミックス | 日 | ブロック | 応答 1 日目 | 応答 2 日目 | ... | 応答 7 日目 |
| 1 | 1 | 1 | 1 | ? | ? | ... | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ... |
| 28 | 28 | 1 | 1 | ? | ? | ... | ? |
| 29 | 29 | 1 | 1 | ? | ? | ... | ? |
| 30 | 1 | 1 | 2 | ? | ? | ... | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ... |
| 87 | 29 | 1 | 3 | ? | ? | ... | ? |
| 88 | 1 | 2 | 4 | ? | ? | ... | ? |
Re: DSD がレプリケートと複数のサンプリング ポイントを統合するための 2 つのブロック変数はありますか?やあ@Snail2212 、
申し訳ありませんが、ツーブロックの必要性と使用法がよくわかりません。
よく理解すると、ブロックの1つは日変動測定に関するものでした。 7日間にわたる測定について、実験ごとに毎日測定できますか?
- 「はい」の場合、ご提案のように、日ごとに異なる応答列を作成して日ごとに分析を行うか、データを積み重ねて曲線分析アプローチ (JMP Pro を使用した FDE、JMP を使用したフィット曲線または非線形) を使用できます。
- 「いいえ」の場合は、ブロックを使用して、実行している測定が日によって異なるという事実を考慮に入れることができます。これは、実験計画の要因で考慮されていない変動の原因です。
あなたが調査している 2 番目の阻害要因は、実験でのさまざまな 96 ウェル プレートの使用に関するものですか?
あなたが述べたように、計画を作成するとき（またはそれを拡張するとき）に、実験が異なるプレート上で行われるという事実を表すブロックを作成できます。計画でこのブロック要素を使用すると、ブロックがお互いに最も似ています。 または、単純に元の DSD を作成し、デザインを 3 回コピーして貼り付け、関連する列プロパティを含むブロック列を追加します。値の順序 (ブロックの順序付け用)、ブロックごとの実行数、デザインの役割 (= ブロッキング)、および因子。変更（簡単？）。
この最初の回答がお役に立てば幸いです。
Re: DSD がレプリケートと複数のサンプリング ポイントを統合するための 2 つのブロック変数はありますか?最終的なスクリーニング設計は折り返し構造の恩恵を受けますが、この構造にはいくつかの厳格なルールが課せられます。 カスタム デザインを使用すると、希望する実験をデザインする方が簡単になる場合があります。 DSD は特殊なケースです。エイリアス最適基準を使用したカスタム設計。
Re: DSD がレプリケートと複数のサンプリング ポイントを統合するための 2 つのブロック変数はありますか?ありがとう、ビクター、本当に役に立ちました。 実際、すべての日のすべての条件とすべての反復を測定できるため、捨てたくなかった大量のデータが得られます。 あなたの提案に基づいて、「JMP Academic: Analyzing Function (aka Curve) Data with JMP Pro」というタイトルの講義をオンラインで見つけ、その可能性に興奮しています。 このツールを使用すると、細胞数の増殖などの 1 つの結果だけでなく、増殖のすべての段階 (初期誘導期、指数関数期の増殖速度、定常期の最大細胞密度、など）、私のデータが十分に高品質で十分な密度を持っていると仮定します。 おそらく、スクリーニング段階ではなく、RSM を構築した後のほうが便利ですが、とても楽しいです。
また、JMP を実際に使用して私がやりたいことを行う方法についての実践的なヒントもありがとうございました。 Google でしか教えてもらえない私にとって、経験豊富なユーザーにとっては明白に思えるかもしれないヒントは非常にありがたいです。
Re: DSD がレプリケートと複数のサンプリング ポイントを統合するための 2 つのブロック変数はありますか?ありがとう、マーク。 私は、少なくともいくつかの要因が無関係であると予想されるスクリーニング実験を行っているため、少数のアクティブな効果に対してより意味のあるものに折りたたむ機能を備えた DSD を使用したいと考えました。 私が提案した、日数を複数レベルのカテゴリ因子に変換するという解決策では、それを使用することはできなかったでしょう。それはあまり賢いアイデアではありませんでした。
