Due variabili di blocco per DSD per integrare repliche e più punti di campionamento?Ciao,
Sto allestendo un esperimento in cui misuro i cambiamenti nel numero di cellule in risposta alla concentrazione di 8 diversi ingredienti di terreni di coltura cellulare (ovvero fattori continui). Un DSD con 8 esecuzioni extra mi dà un esperimento di 29 esecuzioni per questo. Dal momento che il principale spreco di tempo di questo esperimento sta creando i diversi mix di media, sto pianificando di eseguire 3 repliche esatte, preferibilmente bloccate poiché le repliche saranno in diverse piastre da 96 pozzetti e le differenze nella gestione (ad esempio il tempo non trascorso in l'incubatore, ecc.) può portare a una crescita differenziale. Tutto abbastanza facile da configurare aumentando il DSD.
| Correre | Mix multimediale | Bloccare | Risposta |
| 1 | 1 | 1 | ? |
| ... | ... | ... | ... |
| 28 | 28 | 1 | ? |
| 29 | 29 | 1 | ? |
| 30 | 1 | 2 | ? |
Tuttavia, sto anche raccogliendo dati per diversi giorni (misurando in modo non invasivo i numeri di cellule) di queste corse, fino a 7 volte. Mi aspetto che la differenza tra i trattamenti aumenti a causa della crescita esponenziale delle cellule fino a un certo punto, quindi diminuisca di nuovo man mano che esauriscono lo spazio. Potrei adattare i modelli ai dati dei singoli giorni e utilizzare quello con i migliori PValue, ma sembra uno spreco di dati non integrare tutto in un unico modello.
Tuttavia, per come la capisco io, se usassi solo una variabile di blocco e inserissi tutte le combinazioni replica/giorno in blocchi separati (vedi sotto), aliaserei la variabilità in risposta a causa di giorni diversi e repliche diverse.
| Correre | Mix multimediale | Giorno | Bloccare | Risposta |
| 1 | 1 | 1 | 1 | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... |
| 28 | 28 | 1 | 1 | ? |
| 29 | 29 | 1 | 1 | ? |
| 30 | 1 | 1 | 2 | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... |
| 87 | 29 | 1 | 3 | ? |
| 88 | 1 | 2 | 4 | ? |
È possibile utilizzare due variabili di blocco per aggirare questo problema?
| Correre | Mix multimediale | Giorno | Blocco A | Blocco B | Risposta |
| 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... | ... |
| 28 | 28 | 1 | 1 | 1 | ? |
| 29 | 29 | 1 | 1 | 1 | ? |
| 30 | 1 | 1 | 2 | 1 | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... | ... |
| 87 | 29 | 1 | 3 | 1 | ? |
| 88 | 1 | 2 | 1 | 2 | ? |
Spero che quello che sto chiedendo abbia un senso. Penso che in alternativa potrei inserire il giorno come fattore categorico, ma non voglio che nessun modello lo includa, quindi non sembra necessario.
Progettazione di esperimentiRi: Due variabili di blocco per DSD per integrare repliche e più punti di campionamento?Correzione, sono 10 fattori, ovviamente.
Stavo pensando: sarebbe vantaggioso invece includere solo le misurazioni in giorni diversi come proprie risposte?
| Correre | Mix multimediale | Giorno | Bloccare | Risposta Giorno 1 | Risposta Giorno 2 | ... | Giorno di risposta 7 |
| 1 | 1 | 1 | 1 | ? | ? | ... | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ... |
| 28 | 28 | 1 | 1 | ? | ? | ... | ? |
| 29 | 29 | 1 | 1 | ? | ? | ... | ? |
| 30 | 1 | 1 | 2 | ? | ? | ... | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ... |
| 87 | 29 | 1 | 3 | ? | ? | ... | ? |
| 88 | 1 | 2 | 4 | ? | ? | ... | ? |
Ri: Due variabili di blocco per DSD per integrare repliche e più punti di campionamento?CIAO @ Lumaca2212 ,
Mi dispiace, ma non capisco molto bene la tua necessità e l'uso di due blocchi.
Se ho capito bene, uno dei blocchi riguardava la misurazione della variabilità diurna. Per quanto riguarda la misurazione su 7 giorni, sei in grado di misurare per ogni giorno ogni sessione sperimentale?
- Se sì, allora come suggerisci puoi creare colonne di risposta diverse per ogni giorno e fare un'analisi per giorno, oppure impilare i tuoi dati e quindi utilizzare un approccio di analisi della curva (FDE con JMP Pro, Fit Curve o Nonlinear con JMP).
- In caso contrario, potresti utilizzare un blocco per tenere conto del fatto che le misurazioni che stai eseguendo dipendono dal giorno, che è una fonte di variabilità non presa in considerazione nei fattori del tuo progetto sperimentale.
Il secondo fattore di blocco che stai indagando riguarda l'uso di diverse piastre a 96 pozzetti per i tuoi esperimenti?
Come hai accennato, puoi quindi creare un blocco durante la creazione del progetto (o quando lo ingrandisci) per rappresentare il fatto che gli esperimenti saranno su piatti diversi e l'uso di questo fattore di blocco nel progetto farà in modo che i blocchi siano il più simili tra loro. Oppure crea semplicemente il DSD originale, quindi copia e incolla il progetto 3 volte e aggiungi una colonna di blocco con le relative proprietà della colonna: Value Order (per l'ordinamento dei blocchi), Runs per Block, Design Role (= Blocking) e Factor Modifiche (facili?).
Spero che questa prima risposta ti possa aiutare,
Ri: Due variabili di blocco per DSD per integrare repliche e più punti di campionamento?I progetti di screening definitivi beneficiano della struttura pieghevole, ma questa struttura impone alcune regole rigide. Progettare l'esperimento desiderato con Custom Design potrebbe essere più semplice. Il DSD è il caso speciale di a progettazione personalizzata utilizzando il criterio alias-ottimale .
Ri: Due variabili di blocco per DSD per integrare repliche e più punti di campionamento?Grazie Vittorio, mi è stato davvero utile. Posso infatti misurare tutte le condizioni e tutte le repliche in tutti i giorni, il che mi dà un'abbondanza di dati che non volevo buttare via. Ho trovato una conferenza online intitolata "JMP Academic: analisi dei dati di funzioni (alias curve) con JMP Pro" basata sui tuoi suggerimenti e sono entusiasta delle possibilità. Questo strumento mi consentirebbe di analizzare i costituenti dei miei media non solo per un singolo risultato come la crescita del numero di cellule, ma anche per dati estremamente preziosi su tutte le fasi di crescita (fase di ritardo iniziale, tasso di crescita durante la fase esponenziale, densità cellulare massima in fase stazionaria, ecc.), dato che i miei dati sono di qualità sufficientemente elevata e abbastanza densi. Probabilmente più utile una volta che sto costruendo un RSM rispetto alla fase di screening, ma è entusiasmante!
Inoltre, grazie per i tuoi consigli pratici su come utilizzare effettivamente JMP per fare quello che voglio. Come qualcuno con solo Google da insegnarmi, i suggerimenti che possono sembrare ovvi agli utenti esperti sono molto apprezzati.
Ri: Due variabili di blocco per DSD per integrare repliche e più punti di campionamento?Grazie, Marco. Sto facendo un esperimento di screening in cui mi aspetto che almeno alcuni fattori siano irrilevanti, quindi ho voluto utilizzare il DSD per la sua capacità di collassare in qualcosa di più significativo per pochi effetti attivi. Mi rendo conto che la soluzione che ho proposto di trasformare i giorni in un fattore categorico a più livelli mi avrebbe precluso di utilizzarla, non è stata un'idea molto intelligente.
