¿Dos variables de bloqueo para DSD para integrar repeticiones y múltiples puntos de muestreo?Hola,
Estoy organizando un experimento en el que mido los cambios en el número de células en respuesta a la concentración de 8 ingredientes de medios de cultivo celular diferentes (es decir, factores continuos). Un DSD con 8 ejecuciones adicionales me da un experimento de 29 ejecuciones para esto. Dado que el sumidero de tiempo principal de este experimento es la preparación de las diferentes mezclas de medios, planeo ejecutar 3 réplicas exactas, preferiblemente bloqueadas, ya que las réplicas estarán en diferentes placas de 96 pocillos y las diferencias en el manejo (por ejemplo, el tiempo no gastado en la incubadora, etc.) puede conducir a un crecimiento diferencial. Todo lo suficientemente fácil de configurar aumentando el DSD.
| Correr | Mezcla de medios | Bloquear | Respuesta |
| 1 | 1 | 1 | ? |
| ... | ... | ... | ... |
| 28 | 28 | 1 | ? |
| 29 | 29 | 1 | ? |
| 30 | 1 | 2 | ? |
Sin embargo, también estoy recopilando datos durante varios días (midiendo el número de células de forma no invasiva) de estas ejecuciones, hasta 7 veces. Espero que la diferencia entre los tratamientos aumente debido al crecimiento exponencial de las células hasta cierto punto, y luego disminuya nuevamente a medida que se quedan sin espacio. Podría ajustar los modelos a los datos de los días individuales y usar el que tenga los mejores PValores, pero parece una pérdida de datos no integrarlos todos en un solo modelo.
Sin embargo, tal como lo entiendo, si solo usara una variable de bloqueo y pusiera todas las combinaciones de réplica/día en bloques separados (ver más abajo), estaría creando un alias de la variabilidad en la respuesta debido a diferentes días y diferentes réplicas.
| Correr | Mezcla de medios | Día | Bloquear | Respuesta |
| 1 | 1 | 1 | 1 | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... |
| 28 | 28 | 1 | 1 | ? |
| 29 | 29 | 1 | 1 | ? |
| 30 | 1 | 1 | 2 | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... |
| 87 | 29 | 1 | 3 | ? |
| 88 | 1 | 2 | 4 | ? |
¿Es posible usar dos variables de bloqueo para solucionar este problema?
| Correr | Mezcla de medios | Día | Bloque A | Bloque B | Respuesta |
| 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... | ... |
| 28 | 28 | 1 | 1 | 1 | ? |
| 29 | 29 | 1 | 1 | 1 | ? |
| 30 | 1 | 1 | 2 | 1 | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... | ... |
| 87 | 29 | 1 | 3 | 1 | ? |
| 88 | 1 | 2 | 1 | 2 | ? |
Espero que lo que estoy preguntando tenga sentido. Creo que alternativamente podría poner el día como un factor categórico, pero no quiero que ningún modelo lo incluya, por lo que parece innecesario.
Diseño de experimentosRe: ¿Dos variables de bloqueo para que DSD integre réplicas y múltiples puntos de muestreo?Corrección, son 10 factores, obviamente.
He estado pensando: ¿Sería ventajoso incluir las medidas en diferentes días como sus propias respuestas?
| Correr | Mezcla de medios | Día | Bloquear | Respuesta día 1 | Respuesta día 2 | ... | Respuesta Día 7 |
| 1 | 1 | 1 | 1 | ? | ? | ... | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ... |
| 28 | 28 | 1 | 1 | ? | ? | ... | ? |
| 29 | 29 | 1 | 1 | ? | ? | ... | ? |
| 30 | 1 | 1 | 2 | ? | ? | ... | ? |
| ... | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ... |
| 87 | 29 | 1 | 3 | ? | ? | ... | ? |
| 88 | 1 | 2 | 4 | ? | ? | ... | ? |
Re: ¿Dos variables de bloqueo para que DSD integre réplicas y múltiples puntos de muestreo?Hola @Caracol2212 ,
Lo siento, pero no entiendo muy bien tu necesidad y uso de dos bloqueos.
Si entiendo bien, uno de los bloqueos fue sobre la medición de la variabilidad del día. Con respecto a la medición durante 7 días, ¿puede medir para cada día cada ejecución experimental?
- En caso afirmativo, como sugiere, puede crear diferentes columnas de respuesta para cada día y hacer un análisis por día, o apilar sus datos y luego usar un enfoque de análisis de curvas (FDE con JMP Pro, Fit Curve o Nonlinear con JMP).
- Si la respuesta es no, puede usar un bloque para tener en cuenta el hecho de que las mediciones que realiza dependen del día, lo cual es una fuente de variabilidad que no se tiene en cuenta en los factores de su diseño experimental.
El segundo factor de bloqueo que está investigando tiene que ver con el uso de diferentes placas de 96 pocillos para sus experimentos.
Como mencionas, puedes crear un bloque al crear el diseño (o al aumentarlo) para representar el hecho de que los experimentos estarán en diferentes placas, y el uso de este factor de bloqueo en el diseño se encargará de que los bloques sean los más parecidas entre sí. O simplemente cree el DSD original y luego copie y pegue el diseño 3 veces y agregue una columna de bloque con las propiedades de columna relevantes: Orden de valor (para el orden de los bloques), Ejecuciones por bloque, Rol de diseño (= Bloqueo) y Factor Cambios (¿Fácil?).
Espero que esta primera respuesta te ayude,
Re: ¿Dos variables de bloqueo para que DSD integre réplicas y múltiples puntos de muestreo?Los diseños de pantalla definitivos se benefician de la estructura plegable, pero esta estructura impone algunas reglas rígidas. Diseñar el experimento que desea con Diseño personalizado puede ser más fácil. El DSD es un caso especial de un diseño personalizado utilizando el criterio óptimo de alias .
Re: ¿Dos variables de bloqueo para que DSD integre réplicas y múltiples puntos de muestreo?Gracias Víctor, esto fue muy útil. De hecho, puedo medir todas las condiciones y todas las repeticiones en todos los días, lo que me brinda una gran cantidad de datos que no quería tirar. Encontré una conferencia en línea titulada "JMP Academic: análisis de datos de función (también conocida como curva) con JMP Pro" basada en sus sugerencias, y estoy entusiasmado con las posibilidades. Esta herramienta me permitiría analizar los constituyentes de mis medios no solo para un único resultado como el crecimiento en el número de células, sino también datos muy valiosos sobre todas las fases de crecimiento (fase de retraso inicial, tasa de crecimiento durante la fase exponencial, densidad celular máxima en la fase estacionaria, etc), dado que mis datos son de suficiente calidad y lo suficientemente densos. Probablemente sea más útil una vez que esté creando un RSM en lugar de la fase de selección, ¡pero es emocionante!
Además, gracias por sus consejos prácticos sobre cómo usar JMP para hacer lo que quiero. Como alguien que solo tiene google para enseñarme, los consejos que pueden parecer obvios para los usuarios experimentados son muy apreciados.
Re: ¿Dos variables de bloqueo para que DSD integre réplicas y múltiples puntos de muestreo?Gracias, Marcos. Estoy haciendo un experimento de detección en el que espero que al menos algunos factores sean irrelevantes, así que quería usar el DSD por su capacidad de colapsar en algo más significativo para algunos efectos activos. Me doy cuenta de que la solución que propuse de convertir los días en un factor categórico de varios niveles me habría impedido usarlo, no fue una idea muy inteligente.
